结论前置：公司规章制度里写旷工3天就自动解除合同，在符合法律法规和程序正义的前提下是合理的，但具体是否合法有效，还需结合规章制度制定程序、内容合理性以及劳动合同约定等多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、从法律基础角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若公司将“旷工三天”明确写入规章制度，并且该规章制度经过了民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商等）制定，同时已向劳动者进行了公示或告知（如组织员工培训学习规章制度、在单位显著位置张贴等），那么该条款具有法律效力，公司依据此规定解除劳动合同是合法的。
二、从管理必要性角度分析
旷工行为会直接影响企业的正常运营。例如在生产型企业中，员工旷工可能导致生产停滞、订单延误；在服务型企业中，可能造成客户流失、服务质量下降。而且，旷工行为还可能引发团队士气下降或效仿效应。所以，设定明确的旷工处理标准，如旷工三天解除合同，有助于维护企业的纪律性和正常运营秩序。
三、从合法性风险角度分析
- 制度程序瑕疵
- 若规章制度未通过民主程序制定或未向员工公示，可能被认定为无效条款。比如，某公司新制定的考勤制度没有征求工会意见，只是直接张贴公告后执行，后续在因员工旷工解除劳动合同时，就可能因程序违法被仲裁机构撤销处罚。
- 证据不足
- 公司需提供充分证据证明员工旷工事实，如打卡记录、催告通知、证人证言等。如果仅凭口头汇报认定旷工，缺乏书面记录，在劳动争议中可能会败诉。
- 处罚过重争议
- 若员工能证明旷工存在不可抗力因素（如突发疾病、交通事故等），或者公司未及时履行提醒义务，直接开除可能被判定为不合理。例如，员工因家人急病未请假而旷工，公司未核实情况就解除合同，最终可能被判支付赔偿金。
- 特殊群体保护
- 对于三期女职工（孕期、产期、哺乳期）、医疗期员工等特殊群体，需遵循法定保护原则，不得随意以旷工为由解除合同。
四、从劳动合同约定角度分析
如果劳动合同中明确约定旷工达到一定天数（如三天）用人单位有权解除劳动合同，且该约定不违反法律法规强制性规定，那么公司依据劳动合同约定解除合同也是合法的。
五、给你的建议
- 公司方面
- 完善制度设计：在规章制度中明确旷工的定义、处理程序（如催告、听证）、申诉渠道等，确保规则透明。
- 强化证据意识：保留完整的考勤记录、沟通记录（如短信、邮件催告），必要时通过录音录像辅助证明。
- 区分情节处理：对初犯者可采取警告、扣薪等措施；对屡教不改者再行解除劳动关系，体现梯度管理。
- 人性化操作：遇特殊情况时，主动与员工沟通，给予解释机会或协助解决困难，减少对抗性。
- 员工方面
- 仔细查阅公司的规章制度和劳动合同，了解自己的权益和义务。
- 如果认为公司以旷工三天为由解除劳动合同不合法，可以与公司协商解决，协商不成的可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
如果你在处理此类问题时遇到具体疑问，欢迎直接向我咨询。