结论：公司以迟到一小时扣4小时年假顶替的做法，一般属于违法行为，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况来综合判断。
法律背景与规定
年假的性质与规定：
- 年假是劳动者的法定休息休假权利，根据《职工带薪年休假条例》，劳动者连续工作满一定年限后，有权享受带薪年休假。
- 年假的天数根据劳动者的工作年限确定，且用人单位应当保证劳动者享受年假。
迟到与年假的关系：
- 迟到是劳动者违反工作纪律的行为，用人单位可以依据规章制度对劳动者进行纪律处分，如警告、罚款等。
- 但迟到与年假是两个不同的概念，迟到并不直接导致年假的减少或扣除。
公司规章制度的合法性：
- 用人单位可以制定规章制度来管理劳动者，但规章制度必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到可以扣除年假，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么该规定可能在一定程度上具有合法性。但即便如此，扣除年假的比例和方式也应当合理，不能过度剥夺劳动者的年假权利。
具体分析
公司规章制度无明确规定：
- 如果公司规章制度中没有明确规定迟到可以扣除年假，那么公司以迟到一小时扣4小时年假顶替的做法就是违法的。
公司规章制度有明确规定，但规定不合理：
- 即使公司规章制度中规定了迟到可以扣除年假，但如果扣除的比例过高（如迟到一小时扣4小时年假），或者扣除方式不合理（如不区分迟到原因、不给予劳动者解释和申诉的机会等），那么该规定也可能被认定为违法或无效。
公司规章制度有明确规定，且规定合理：
- 在极少数情况下，如果公司规章制度中明确规定了迟到可以扣除年假，且该规定合理、合法，且已经向劳动者公示或告知，那么公司按照该规定执行可能不构成违法。但这种情况较为罕见，且需要严格满足多个条件。
法律建议
与公司协商：
- 劳动者可以先与公司协商，要求公司撤销不合理的扣除年假决定，并恢复劳动者的年假权利。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对公司进行调查和处理。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门未能解决问题，劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决公司撤销不合理的扣除年假决定，并赔偿劳动者的损失。
可能的法律后果
- 如果公司被认定违法扣除年假，可能需要承担恢复劳动者年假权利、赔偿劳动者损失等法律责任。
- 同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失等后果。
综上所述，公司以迟到一小时扣4小时年假顶替的做法一般属于违法行为。劳动者在遇到此类情况时，应当积极维护自己的合法权益，与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。