结论前置：在未完成正式股权变更登记但已签订股权转让协议的情况下，理论上可以召开股东会来确定公司章程和董事，但存在一定法律风险和不确定性，具体需结合实际情况判断。

详细分析：

1. 股权转让协议的法律效力：

   • 股权转让协议是双方就股权转让事宜达成的合意，自双方签字（或盖章）之日起即产生法律效力。这意味着，在协议签订后，转让方和受让方即应按照协议约定履行各自义务，包括股权的交付和价款的支付等。
   • 然而，股权转让协议的签订并不直接等同于股权的变更。股权的变更还需要完成工商变更登记手续，这是股权转让生效的法定要件之一。

2. 股东会的召开与股权变更的关系：

   • 股东会是公司的最高权力机构，负责决定公司的重大事项，包括公司章程的修改和董事的选举等。
   • 在股权转让协议签订后，若尚未完成工商变更登记，从法律形式上看，受让方尚未成为公司的正式股东。但根据《公司法》及相关司法解释，若股权转让协议合法有效，且受让方已实际履行了股东义务（如参与公司管理、享有股东权益等），则受让方可能被视为事实上的股东。
   • 在此情况下，若公司其他股东同意，且受让方已实际参与公司管理，理论上可以召开股东会来确定公司章程和董事。但需注意，这种做法可能存在一定的法律风险，因为受让方的股东身份尚未得到工商部门的正式确认。

3. 法律风险与不确定性：

   • 若在未完成工商变更登记的情况下召开股东会，可能会面临其他股东的异议或法律挑战。例如，其他股东可能主张受让方尚未成为正式股东，无权参与股东会或行使股东权利。
   • 此外，若因股权转让协议存在瑕疵或争议，导致股权转让无法完成工商变更登记，则受让方可能无法真正获得股东身份，其参与股东会所作出的决议也可能面临被撤销或无效的风险。

4. 建议与措施：

   • 为避免法律风险和不确定性，建议在签订股权转让协议后，尽快完成工商变更登记手续，确保受让方成为公司的正式股东。
   • 在完成工商变更登记前，若需召开股东会，可事先与其他股东进行充分沟通，确保各方对受让方的股东身份无异议，并在股东会决议中明确记载受让方的股东身份及参与决议的情况。
   • 若因特殊原因无法及时完成工商变更登记，可考虑通过其他方式（如签订补充协议、出具承诺函等）来明确受让方的股东身份及权利义务，以降低法律风险。

总结与提醒：在未完成正式股权变更登记但已签订股权转让协议的情况下，召开股东会来确定公司章程和董事需谨慎行事。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。