针对上夜班员工和主管一起违反纪律的情况，企业应依据内部规章制度和劳动法律法规进行妥善处理，具体可从以下角度分析和操作：

1. 核实事实，明确责任
   企业需通过监控录像、考勤记录、证人证言等证据，核实员工和主管的具体违纪行为（如旷工、串岗、违规操作等），并区分双方责任。例如，若主管利用职权掩盖违纪行为，或与员工合谋违规，需承担更重的管理责任；若员工单独违规，则按普通违纪处理。

2. 依据规章制度处理
   根据企业《员工手册》或相关制度，对违纪行为分级处理：

   • 一般违纪（如迟到、串岗）：可给予警告、扣减绩效等；
     
   • 严重违纪（如盗窃、泄露机密）：可解除劳动合同。
     注意：制度需经民主程序制定并公示，否则可能被认定为无效。

3. 主管与员工区别对待

   • 主管责任：作为管理者，若参与违纪或包庇下属，除自身违纪处罚外，还需追究管理失职责任（如降职、调岗）；
     
   • 员工责任：按普通违纪处理，但若受主管胁迫或诱导，可减轻责任（需员工举证）。

4. 程序合法性
   处理违纪需遵循法定程序：

   • 提前告知员工违纪事实及依据；
     
   • 允许员工申辩或举证；
     
   • 工会或职工代表参与（如涉及解除合同）；
     
   • 书面送达处理决定。
     程序瑕疵可能导致处罚无效。

5. 法律风险防范

   • 避免“一刀切”处罚，需根据违纪情节、后果严重性区分处理；
     
   • 解除合同需符合《劳动合同法》第39条（如严重失职、营私舞弊），否则可能构成违法解除，需支付赔偿金；
     
   • 若违纪涉及违法（如贪污、侵占），应及时报警并配合调查。

建议行动步骤：

1. 立即成立调查组，固定证据；
   
2. 依据制度提出初步处理意见；
   
3. 与员工、主管分别沟通，听取申辩；
   
4. 最终决定经工会或职工代表同意后执行；
   
5. 完善制度漏洞，加强夜间管理监督。
   

如有具体违纪情形或制度条款需要分析，可进一步说明细节，我会为您提供针对性建议。