结论是：房产证写了两个人名字，写了协议归一方是否有效，需分情况讨论，主要取决于协议的具体内容、签订背景以及是否满足法律规定的生效要件。以下从不同角度进行详细分析：
一、协议内容合法且双方自愿
协议内容合法：如果双方签订的协议内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议在法律上是有效的。例如，协议中明确约定了房屋归一方所有，且该约定不损害国家、集体或第三人的利益，那么这样的协议是具有法律效力的。
双方自愿签订：协议必须是双方自愿签订的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在被欺诈或胁迫的情况下签订的协议，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。
二、协议需满足法律规定的生效要件
书面形式：根据《民法典》的相关规定，涉及不动产的处分，如房屋的买卖、赠与等，通常需要采用书面形式。因此，如果双方签订的协议是关于房屋产权归属的，最好采用书面形式，并明确约定双方的权利和义务。
办理过户手续：虽然协议本身可能具有法律效力，但房屋产权的变更还需要办理过户手续。如果双方只是签订了协议，但没有办理过户手续，那么房屋产权仍然登记在双方名下，从法律上讲，房屋仍然属于双方共有。因此，为了确保协议的实际履行，双方应尽快办理房屋过户手续。
三、特殊情况下的协议效力
婚姻关系存续期间：如果房产证上的两个人是夫妻关系，且房屋是在婚姻关系存续期间购买的，那么该房屋通常属于夫妻共同财产。在这种情况下，即使双方签订了协议约定房屋归一方所有，但如果该协议没有经过公证或者没有其他证据证明是双方真实意思表示，那么在离婚时，该协议可能不会被法院完全采纳。不过，如果协议是双方真实意思表示，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，法院在判决时也会予以考虑。
涉及第三人利益：如果协议的内容涉及到第三人的利益，如房屋上设有抵押权等，那么双方在签订协议时需要谨慎考虑。因为即使协议本身有效，但如果损害了第三人的利益，那么该协议可能无法得到实际履行。
四、建议
签订详细协议：为了确保协议的法律效力，双方应签订详细的协议，明确约定房屋产权的归属、过户时间、违约责任等内容。
办理公证手续：如果条件允许，双方可以将协议办理公证手续，以增强协议的法律效力。
及时办理过户：在协议签订后，双方应尽快办理房屋过户手续，以确保房屋产权的实际变更。
咨询专业律师：在签订协议前或遇到法律问题时，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到保障。
总之，房产证写了两个人名字，写了协议归一方是否有效，需根据具体情况来判断。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。