在农村自建房合同约定不明确且双方各执一词的情况下，确定顶板厚度及水泥强度，可参考以下方式处理：

1. 依据行业惯例和国家标准：

   • 顶板厚度和水泥强度在建筑行业通常有一定的标准和惯例。可以查阅相关的建筑设计规范、施工验收规范等文件，了解在类似情况下通常采用的顶板厚度和水泥强度标准。这些规范和标准往往具有权威性和普遍适用性，可以作为确定具体参数的参考依据。
   • 例如，如果当地有针对农村自建房的具体设计规范或施工指南，其中可能明确规定了顶板的最小厚度和水泥的最低强度等级。

2. 参考类似工程案例：

   • 寻找当地或附近地区类似规模、结构的农村自建房案例，了解这些房屋在顶板厚度和水泥强度方面的实际做法。这有助于形成对合理参数的直观认识，并作为与对方协商的参考。
   • 可以通过咨询当地建筑公司、施工队伍或相关政府部门来获取这些案例信息。

3. 聘请专业机构进行鉴定：

   • 如果双方无法就顶板厚度和水泥强度达成一致，可以考虑聘请具有资质的建筑鉴定机构对房屋进行专业鉴定。鉴定机构将根据现场勘查、材料检测等结果，出具具有法律效力的鉴定报告，明确顶板厚度和水泥强度的具体数值。
   • 鉴定报告将作为解决纠纷的重要依据，有助于双方达成和解或作为诉讼中的证据。

4. 协商与调解：

   • 在采取法律手段之前，双方可以尝试通过协商或调解来解决争议。可以邀请当地村委会、乡政府或相关调解机构介入，帮助双方沟通、协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 协商和调解具有灵活性和高效性，有助于维护双方的关系，避免纠纷进一步升级。

5. 诉讼解决：

   • 如果协商和调解无法达成一致，双方可以考虑通过诉讼来解决争议。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据、行业惯例、国家标准以及专业鉴定机构的意见等，综合判断并确定顶板厚度和水泥强度的具体数值。
   • 诉讼虽然可能耗时较长，但具有强制执行力，能够确保争议得到最终解决。

在处理此类纠纷时，建议双方保持冷静、理性，积极寻求合法、合理的解决方案。 如果需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。