租赁合同中约定千分之一的违约金，其合理性需结合具体情况判断，但只要符合法律规定且双方真实意思表示，通常是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律基础与违约金合法性
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方当事人可以协商约定违约金的数额和计算方式。这一规定为违约金的设定提供了法律基础。因此，在租赁合同中约定千分之一的违约金，只要双方自愿协商，不存在欺诈、胁迫等违法情形，该约定即具有法律效力。
二、违约金合理性的判断标准
与实际损失相当：
- 违约金的设定应充分考虑违约行为给守约方造成的实际损失。如果千分之一的违约金能够合理覆盖因违约造成的损失，如租金损失、房屋维护成本增加等，则该违约金数额是合理的。
- 如果实际损失远高于约定的违约金，守约方有权请求法院或仲裁机构增加违约金数额；反之，如果实际损失远低于约定的违约金，违约方也有权请求减少。
不超过法定上限：
- 法律对违约金的数额有一定限制，通常认为违约金不应超过实际损失的30%。虽然这一比例并非绝对，但可以作为判断违约金是否过高的参考标准。
- 如果千分之一的违约金在数额上远超实际损失的30%，可能被法院或仲裁机构视为不合理而予以调整。
双方真实意愿的表达：
- 违约金数额应由双方在平等、自愿的基础上协商确定，确保是双方真实意思表示且不存在显失公平等情形。
三、实际操作建议
明确合同条款：
- 在签订租赁合同时，务必明确约定违约金的数额、计算方式及适用条件。例如，可以约定“若承租人逾期支付租金，每逾期一日，应按未支付租金的千分之一向出租人支付违约金”。
合理预估损失：
- 在设定违约金前，双方应充分评估可能因违约造成的损失。出租人可以考虑房屋空置期间的租金损失、重新招租的成本等；承租人则应考虑因违约可能面临的额外费用或损失。
依法解决争议：
- 一旦发生违约争议，双方应首先尝试通过友好协商解决。若协商无果，应及时寻求法律途径，向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁。
- 在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分证据证明自己的主张，包括实际损失的计算依据、违约金约定的合理性等。
四、示例说明
假设一份租赁合同中约定，承租人逾期支付租金时，应按未支付租金的千分之一向出租人支付违约金。若承租人逾期支付租金10,000元，则根据约定应支付的违约金为10元（10,000元 * 0.1%）。如果这一数额能够合理覆盖出租人因承租人逾期支付而遭受的实际损失（如银行利息损失、重新催款的成本等），则该违约金数额是合理的。
总结来看，租赁合同中约定千分之一的违约金，其合理性需结合具体情况判断。只要符合法律规定、双方真实意思表示且能够合理覆盖实际损失，该约定通常是合法的。在实际操作中，双方应明确合同条款、合理预估损失并依法解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。