商家开发票时不在备注栏填写合同编号，一般不直接构成违法，但可能违反税务管理要求或合同约定，需分情况讨论：

1. 税务管理角度：不违法，但可能不符合规范

根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票的基本内容包括发票名称、发票代码、号码、联次及用途、客户名称、开户银行及账号、商品或服务名称、规格型号、单位、数量、单价、金额、税率/征收率、税额、开票人、开票日期等。备注栏并非发票的法定必备内容，税务机关未强制要求所有发票必须填写合同编号。

但特定行业或业务场景下，税务机关可能通过规范性文件要求备注特定信息（如建筑服务需备注项目地址、货物运输需备注起运地等）。若合同编号属于此类行业要求的备注内容，商家未填写可能被认定为“未按规定开具发票”，面临税务机关的责令改正或罚款（通常为1万元以下，情节严重可能更高）。

2. 合同履行角度：可能构成违约

若合同双方明确约定“发票备注栏需填写合同编号”，则该条款属于合同义务。商家未按约定开具发票，可能构成违约，需承担继续履行（补开备注）、赔偿损失等民事责任。但需注意：

• 合同约定需合法有效（如不违反税务强制性规定）；
• 违约责任需以合同明确约定为前提，若合同未约定，买方难以直接主张赔偿。

3. 实务建议

• 对商家：若合同或行业规范要求备注合同编号，应严格履行；若无明确要求，可主动与买方沟通是否需要备注，以避免纠纷。
• 对买方：若合同有备注要求，可在合同中明确违约责任（如“未备注需支付违约金”）；若已收到未备注发票，可要求商家补开或通过协商解决，必要时可依据合同起诉。

总结：商家未在发票备注栏填写合同编号，通常不直接违法，但可能因行业规范或合同约定产生合规风险或民事责任。具体需结合合同条款、行业要求及税务规定综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询。