您好，关于您提出的“抗辩如何提交超过诉讼时效申请”的问题，这是一个涉及民事诉讼法中重要制度——超过诉讼时效抗辩的问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、理解超过诉讼时效抗辩的基本概念
首先，我们需要明确什么是超过诉讼时效抗辩。简单来说，当权利人在一定期间内没有行使他的权利，这个期间就是诉讼时效期间。如果权利人超过了这个期间才主张权利，义务人就可以提出拒绝履行义务的抗辩，这就是超过诉讼时效抗辩。这种抗辩一旦成立，权利人虽然不丧失实体权利，但会丧失胜诉权，即法院不会强制义务人履行义务。
二、相关法律规定
《中华人民共和国民法典》：
- 第一百八十八条规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但有一个最长保护期限，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
- 第一百九十二条规定，诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。但如果义务人已经同意履行或者已经自愿履行了义务，那么他就不能再以诉讼时效期间届满为由进行抗辩。
- 第一百九十三条规定，人民法院不会主动适用诉讼时效的规定，这需要义务人自己提出抗辩。
其他单行法律：如《中华人民共和国海商法》等，也可能对特定类型的请求权规定特殊的诉讼时效期间。
三、抗辩的行使方式与时机
- 行使方式：义务人通常需要在诉讼或仲裁过程中，通过书面或口头的方式向法院或仲裁机构提出超过诉讼时效的抗辩。
- 行使时机：义务人一般需在一审期间提出诉讼时效抗辩。如果在一审期间没有提出，而在二审期间才提出，那么除非有新的证据能够证明对方的请求权已经超过了诉讼时效，否则法院通常不会支持这种抗辩。同样，如果当事人在一审或二审期间都没有提出诉讼时效抗辩，之后以诉讼时效期间届满为由申请再审或提出再审抗辩的，法院也不会支持。
四、抗辩的法律效果
- 如果法院确认诉讼时效期间已经届满，并且义务人提出了有效的抗辩，那么权利人虽然仍然享有实体权利，但会丧失胜诉权。这意味着法院不会强制义务人履行义务。
- 如果义务人在诉讼时效期间届满后自愿履行了义务，那么他的履行行为是有效的，并且之后不能以诉讼时效期间届满为由要求返还已经履行的财产。
五、实际操作建议
- 如果您作为义务人，认为权利人的请求权已经超过了诉讼时效期间，那么您应该在诉讼或仲裁过程中及时提出抗辩，并提供相关证据来支持您的抗辩。
- 如果您作为权利人，担心自己的请求权可能超过诉讼时效期间，那么您应该尽快行使权利，或者与义务人协商延长诉讼时效期间（如果法律允许的话）。
希望以上解答能够帮助您更好地理解超过诉讼时效抗辩的相关问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时告诉我。