结论：公司欠薪5万且已经劳动部门签订还款协议的情况下，起诉能否拿到钱取决于多个因素，包括公司的实际支付能力、还款协议的执行情况以及诉讼过程中的具体操作等。但总体来说，如果公司具备支付能力且还款协议合法有效，通过法律途径起诉是有较大可能拿到欠薪的。

分析：

1. 还款协议的法律效力：

   • 还款协议是您与公司之间就欠薪问题达成的书面约定，具有法律效力。如果协议内容合法、双方自愿签订且没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议是有效的，对双方都具有约束力。

2. 公司的支付能力：

   • 起诉前，您需要评估公司的实际支付能力。如果公司目前资金紧张但仍有未来收益或资产，那么通过法律途径追讨欠薪是有希望的。但如果公司已经破产或没有可供执行的财产，那么即使起诉成功，也可能面临执行难的问题。

3. 诉讼过程中的操作：

   • 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明公司欠薪的事实以及还款协议的存在。这包括工资单、银行转账记录、还款协议等文件。
   • 同时，您需要按照法律程序进行起诉，包括提交起诉状、参加庭审等。如果在这个过程中出现任何疏漏或错误，都可能影响诉讼结果。

4. 执行阶段的问题：

   • 即使起诉成功并获得了判决书，您还需要面对执行阶段的问题。如果公司不自愿履行判决书，您需要向法院申请强制执行。在执行过程中，法院会采取一系列措施来迫使公司履行义务，如查封、扣押、拍卖公司财产等。但如果公司确实没有可供执行的财产，那么执行可能会陷入困境。

建议：

• 收集证据：在起诉前，确保您已经收集了所有与欠薪和还款协议相关的证据，以便在诉讼过程中提供充分的证明。
• 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了一些基本的法律分析，但每个案件都有其独特性。因此，我建议您在起诉前咨询一位专业律师，以便更详细地了解您的权利和义务以及诉讼过程中的可能风险。
• 考虑和解或调解：在诉讼过程中，如果公司愿意和解或调解，您可以考虑接受。这通常可以更快地解决纠纷，并减少诉讼成本和时间。

后续行动：

• 如果您决定起诉，请尽快准备相关材料并提交给法院。
• 在诉讼过程中，保持与法院的沟通，及时了解案件进展情况。
• 如果遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。