核心结论：公司发工资扣款不明确时，您可以通过以下步骤维护自身权益，具体包括与用人单位沟通、收集证据、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

1. 与用人单位沟通，要求明确扣款依据
   根据《工资支付暂行规定》第七条，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者姓名及签字，并保存两年以上备查。若公司扣款不明确，您有权要求公司出具书面说明，明确扣款的具体项目（如社保、个税、罚款等）、计算方式及法律依据。若公司拒绝提供，可能涉嫌违反工资支付透明度要求。

2. 收集证据，固定争议事实
   需保留以下证据：

   • 工资条（显示扣款项目及金额）；
     
   • 劳动合同（约定工资结构及扣款条款）；
     
   • 银行流水（证明实际到账金额与约定不符）；
     
   • 与公司沟通的记录（如邮件、聊天记录，证明您曾主张权利）。
     若公司未提供工资条，根据《劳动法》第五十条，您可要求公司补发，或通过银行流水反向推算扣款情况。

3. 向劳动监察部门投诉
   若公司仍不配合，可向当地劳动保障监察大队投诉（可通过“全国根治欠薪线索反映平台”提交线索）。根据《劳动保障监察条例》第十一条，劳动监察部门有权查处用人单位克扣工资的行为，并责令限期支付。投诉时需提交身份证明、劳动关系证明及扣款证据。

4. 申请劳动仲裁，主张权益
   若投诉未果，可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：

   • 公司补发被克扣的工资；
     
   • 若因扣款导致经济困难，可要求加付50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）；
     
   • 若公司违法解除合同（如以“扣款不配合”为由开除），可主张赔偿金（工作年限×2倍月工资）。
     注意：劳动仲裁时效为1年，自您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

特殊情形提示：

• 若扣款为社保、个税等法定项目，公司需提供代扣代缴凭证（如社保缴费记录、完税证明）；
  
• 若扣款为罚款，需符合《企业职工奖惩条例》（已废止）或公司合法制定的规章制度，且罚款金额不得超过月工资的20%；
  
• 若公司以“绩效不达标”为由扣款，需证明绩效考核制度已公示且您签字确认，否则可能被认定为违法克扣。

行动建议：
优先通过书面形式（邮件、短信）与公司沟通，保留沟通记录；若公司态度强硬，可同步准备投诉材料及仲裁申请书，以缩短维权周期。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。