核心结论：若员工因违章操作受伤，公司是否赔偿及如何赔偿需分情况讨论，主要取决于公司是否已尽到安全管理义务、员工违章操作的性质及是否存在故意或重大过失等因素。以下是具体分析：

1. 公司已尽安全管理义务，员工违章操作非故意或重大过失
   根据《工伤保险条例》第十四条，员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应认定为工伤。即使员工存在违章操作行为，只要公司已提供安全培训、配备防护设备、制定操作规程等基本安全管理措施，且员工违章行为非故意或重大过失（如未违反核心安全规定），公司仍需按工伤保险待遇赔偿，包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等。
   法律依据：《工伤保险条例》第十六条明确排除“故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀”三种情形，违章操作未被列入免责范围。

2. 公司未尽安全管理义务，员工违章操作存在一般过失
   若公司未提供安全培训、未设置警示标识、未强制使用防护设备等，导致员工因缺乏安全意识或操作条件而违章受伤，公司需承担主要赔偿责任。此时，员工违章操作仅视为一般过失，不减轻公司责任，公司仍需按工伤标准赔偿，甚至可能因未履行安全保障义务面临行政处罚（如《安全生产法》第九十六条）。
   典型案例：某工厂未提供护目镜，员工未佩戴导致眼部受伤，法院判决公司全额赔偿医疗费及伤残补助。

3. 员工故意或重大过失导致受伤，公司可主张减轻赔偿
   若员工明知操作违规（如擅自拆除安全装置、违反禁令进入危险区域）且存在主观故意，或因重大过失（如完全忽视警告信号）导致事故，公司可依据《民法典》第一千一百七十三条主张按过错比例减轻赔偿责任。例如，员工故意违规操作导致自身受伤，公司可能仅需承担30%-50%的医疗费，其余由员工自负。
   关键证据：公司需提供监控录像、操作记录、安全培训签到表等证据，证明员工存在故意或重大过失。

行动建议：

• 对员工：若受伤后公司拒绝赔偿，可收集劳动合同、工伤认定申请表、医疗记录等证据，向当地社保部门申请工伤认定，再通过劳动仲裁或诉讼主张权益。
  
• 对公司：若认为员工存在故意或重大过失，需在事故发生后立即固定证据（如现场照片、证人证言），并在工伤认定阶段提出抗辩，必要时通过民事诉讼主张减责。
  

如有具体细节（如操作规程内容、员工违章行为性质等），可进一步向我描述，我会结合案例为您详细分析。