核心结论：就业协议公司寄回的是甲方留存联，这本身并不直接构成法律问题，但可能影响到协议的正式生效和双方权益的保障。关键在于确认协议是否已由双方签字盖章并各执一份，以及协议内容是否合法有效。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 协议生效条件：

   • 就业协议作为双方意思表示一致的书面文件，其生效通常要求双方签字或盖章，并各执一份作为凭证。如果公司寄回的是甲方（即公司）留存联，而乙方（即你）没有收到乙方联或双方未共同签字盖章，则协议可能尚未正式生效。
   • 建议：首先确认你是否已在协议上签字，并询问公司是否已签字盖章。如果双方均已签字盖章，但公司未寄回乙方联，你可以要求公司补寄或提供其他证明协议已生效的方式（如扫描件、照片等）。

2. 协议内容合法性：

   • 即使协议已生效，其内容也必须符合法律法规的规定，否则可能因违法而无效。例如，协议中不得包含违反劳动法、劳动合同法等强制性规定的条款。
   • 建议：仔细审查协议内容，特别是关于工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇、社会保险等关键条款，确保它们符合法律法规的规定。如果发现违法条款，应及时与公司沟通修改。

3. 双方权益保障：

   • 就业协议是双方权益的重要保障。如果公司未按照协议约定履行义务（如未按时支付薪酬、未提供约定的工作条件等），你可以依据协议内容维护自己的合法权益。
   • 建议：保留好协议原件或复印件，以及与公司沟通的相关记录（如邮件、短信、微信等）。在发生纠纷时，这些证据将有助于你维护自己的权益。

4. 特殊情况处理：

   • 如果公司拒绝寄回乙方联或拒绝承认协议已生效，你可以考虑通过法律途径解决纠纷。例如，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
   • 建议：在采取法律行动前，先尝试与公司协商解决纠纷。如果协商无果，再考虑寻求法律援助或咨询专业律师的意见。

进一步思考：在处理此类问题时，除了关注协议的形式和内容外，还应关注双方的实际履行情况。如果公司虽然未寄回乙方联，但已按照协议约定履行了义务，且你也接受了这些义务，那么协议实际上已经得到了履行。然而，为了保障自己的权益，你仍然应要求公司补寄乙方联或提供其他证明协议已生效的方式。

最后提醒：如果你对就业协议的任何条款或公司的行为有疑问或担忧，不要犹豫，直接向我咨询。作为专业律师，我将根据你的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。