对于未通过指定通道运输动物且承运人不在查获地的情况，处罚需结合具体违法情形和法律规定来综合判定，通常涉及行政处罚，严重者可能涉及刑事处罚。以下从不同角度展开分析：
一、行政处罚角度
处罚依据：
- 根据《中华人民共和国动物防疫法》的相关规定，运输动物应当按照国务院农业农村主管部门的规定，随车携带动物检疫证明等文件，并采取防止动物疫病传播的措施。若未通过指定通道运输动物，可能违反了动物防疫的相关规定。
处罚措施：
- 对于未通过指定通道运输动物的违法行为，动物卫生监督机构有权责令改正，并处以罚款。罚款的数额根据违法情节的严重程度而定，可能从几千元到数万元不等。
- 若承运人不在查获地，动物卫生监督机构仍可依法对违法行为进行认定，并通过合法程序将处罚决定送达承运人。承运人需在规定期限内履行处罚决定，否则可能面临更严重的法律后果。
执行方式：
- 动物卫生监督机构在查获违法行为后，会进行调查取证，并依法作出处罚决定。若承运人不在查获地，可通过邮寄、公告等方式送达处罚决定书。
- 承运人需在收到处罚决定书后，按照规定期限缴纳罚款或履行其他处罚措施。若逾期不履行，动物卫生监督机构可依法申请人民法院强制执行。
二、刑事处罚角度（若涉及严重违法情形）
可能涉及的罪名：
- 若未通过指定通道运输动物的行为导致了动物疫病的传播或扩散，且情节严重，可能构成妨害动植物防疫、检疫罪。
刑事处罚措施：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯妨害动植物防疫、检疫罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
- 若单位犯此罪，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
三、特殊情况处理
承运人不在场或无法联系：
- 若承运人不在查获地且无法联系，动物卫生监督机构仍可依法对违法行为进行认定，并通过合法程序进行处罚。
- 在处罚过程中，动物卫生监督机构会尽力查找承运人的联系方式，确保处罚决定的合法送达和执行。
跨地区协作：
- 若违法行为涉及跨地区运输，动物卫生监督机构之间会加强协作，共同打击违法行为。
- 查获地的动物卫生监督机构会将违法情况通报给承运人所在地的动物卫生监督机构，由后者协助进行处罚决定的送达和执行。