农村老人两处合法房产在有两个儿子（一个农户、一个非农户）情况下的确权，需分情况处理，核心结论如下：

1. 若两处房产均属于老人个人合法财产（如自建房、继承所得等）
   根据《民法典》第209条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记发生效力。老人作为房产所有权人，有权自主决定房产分配方式，无需因儿子户籍性质（农户/非农户）受限。

   • 确权方式：老人可通过遗嘱或赠与协议明确房产归属。若未留遗嘱，按法定继承处理（配偶、子女、父母为第一顺序继承人），子女户籍性质不影响继承权，但非农户儿子继承农村房产后，可能面临无法翻建、交易受限等问题（需符合当地宅基地管理政策）。
     
   • 操作建议：建议老人提前办理房产过户或公证遗嘱，避免继承纠纷；非农户儿子继承后若需处置房产，需先确认当地政策是否允许非农户籍人员持有农村房产。

2. 若两处房产涉及宅基地使用权（如农村自建房）
   宅基地使用权具有身份属性，仅限本村集体经济组织成员（农户）享有。非农户儿子因户籍已迁出，原则上无法直接继承宅基地使用权，但可继承地上房屋（“地随房走”原则）。

   • 确权方式：
     
     • 农户儿子：若符合宅基地申请条件（如未另获批宅基地），可继承宅基地使用权及地上房屋，需办理宅基地使用权变更登记；
       
     • 非农户儿子：仅能继承地上房屋所有权，宅基地使用权随房屋自然灭失而终止（如房屋倒塌后，非农户儿子不得重建，宅基地由村集体收回）。
       
   • 操作建议：老人可与两个儿子协商，将一处房产的宅基地使用权过户给农户儿子，另一处房产的房屋所有权通过遗嘱指定由非农户儿子继承；或直接将两处房产均由农户儿子继承，避免非农户儿子继承后房屋无法维护的风险。

3. 若两处房产存在权属争议（如未办理产权证、历史遗留问题等）
   需先通过行政程序确认房产合法性，再按上述规则处理。例如：

   • 未办理产权证的房产：需向当地自然资源部门申请确权登记，提交建房审批文件、土地使用证明等材料；
     
   • 历史遗留问题（如超面积建房）：需按当地政策补缴罚款或办理合规手续后，再确权。

总结：农村房产确权需结合房产性质（是否涉及宅基地）、子女户籍性质及老人意愿综合处理。建议老人提前规划，通过书面协议或公证明确分配方案，减少后续纠纷。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询当地政策细节。