核心结论：一宅两户中若其中一户为非农业户口，确权需结合土地性质、户籍政策及地方具体规定综合判断，通常需通过协商、行政确权或司法途径解决。以下是具体分析：

1. 明确宅基地使用权归属是确权基础

根据《土地管理法》第六十二条，宅基地使用权主体为本集体经济组织成员（即农业户口）。若一宅两户中：

• 非农业户口户主：若其原为集体成员，后因升学、参军、工作等转为非农业户口，但宅基地使用权系其合法取得（如继承、分户前申请），部分地区允许其继续使用宅基地，但不得翻建、扩建，确权时可能登记为“共有”或“其他权利人”。
• 农业户口户主：若其符合集体成员资格，通常可单独确权宅基地使用权，但需满足“一户一宅”原则（即面积不超当地标准）。

关键点：非农业户口户主能否确权，取决于其是否仍保留集体成员资格或是否通过合法方式取得宅基地使用权。

2. 分情况处理确权问题

情况一：非农业户口户主通过继承取得宅基地使用权

• 法律依据：根据《民法典》及自然资源部《关于加快宅基地和集体建设用地使用权确权登记工作的通知》，非农业户口继承人可继承宅基地上的房屋，并“房地一体”原则取得宅基地使用权，但使用权期限与房屋存续期限一致（房屋灭失后，宅基地由集体收回）。
• 确权方式：可申请将宅基地使用权登记在非农业户口户主名下，但需注明“权利人非集体成员，房屋灭失后宅基地由集体收回”。

情况二：非农业户口户主与农业户口户主共有宅基地

• 常见情形：两户共同使用同一宅基地（如兄弟分户未分地），或非农业户口户主参与宅基地申请（如父母为农业户口，子女为非农业户口但共同出资建房）。
• 确权方式：
  • 若两户均符合集体成员资格（如子女虽为非农业户口，但未放弃集体权益），可协商按份共有或共同共有，并申请联合确权。
  • 若仅农业户口户主符合资格，非农业户口户主可能仅能确权房屋所有权，宅基地使用权归农业户口户主单独所有。

情况三：非农业户口户主无合法依据占用宅基地

• 处理原则：若非农业户口户主未通过继承、赠与等合法方式取得宅基地使用权，其占用行为可能被认定为违法，确权时可能被排除在外，宅基地使用权归农业户口户主单独所有。

3. 确权程序与注意事项

• 申请材料：需提供宅基地使用权证、房屋所有权证、户口簿、身份证明、分户协议（如有）、继承公证书（如涉及继承）等。
• 协商优先：两户可先协商确权方案（如按份共有、一方补偿另一方退出），并签订书面协议。
• 行政确权：协商不成时，可向乡镇政府或县级自然资源部门申请行政确权，由政府部门调查后作出确权决定。
• 司法救济：对行政确权结果不服的，可依法提起行政复议或行政诉讼。

建议：确权前需核实当地政策（如部分地区对非农业户口继承宅基地有额外限制），并咨询当地自然资源部门或村委会，确保程序合法。若涉及复杂法律问题，可进一步向我咨询具体操作方案。