针对您提出的“一宅两户继承下来的一户非农一户农如何确权登记主申请人会是哪户”的问题，这确实是一个涉及宅基地使用权确权登记的复杂情况。以下是我根据相关政策规定，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，宅基地使用权的确权登记是依据当地省（市）级人民政府规定的面积，依法确定给本农民集体成员的。在您所描述的情况中，存在一户非农业户口和一户农业户口共同继承一处宅基地和房屋的情况。

1. 对于农业户口的继承户：

   • 如果该户仍然是本农民集体的成员，且符合宅基地使用权的申请条件（如未拥有其他宅基地等），那么他们有权继承并申请确权登记该宅基地的使用权。

2. 对于非农业户口的继承户：

   • 根据相关规定，非农业户口居民（含户口迁出、华侨）原在农村合法取得的宅基地和房屋，如果房屋产权没有变化，经该农民集体出具证明并公告无异议的，可以依法办理土地登记。但需要注意的是，在《集体土地使用证》记事栏应注记“该权利人为非本农民集体成员”。
   • 这意味着，非农业户口的继承户虽然可以继承房屋，但在宅基地使用权的确权登记上，会受到一定的限制，即他们并非宅基地的“完整”使用权人，而是作为房屋的合法继承人进行登记。

3. 关于主申请人的确定：

   • 在一宅两户共同继承的情况下，主申请人的确定并非单纯基于户口性质（农业或非农业），而是需要综合考虑双方的权利、义务以及当地的具体政策规定。
   • 如果双方能够协商一致，可以共同作为申请人进行确权登记，并在相关文件上明确各自的权利和份额。
   • 如果双方无法协商一致，或者当地政策有明确规定主申请人的确定方式（如按照继承顺序、宅基地使用历史等），则应按照相关规定或协商结果来确定主申请人。

4. 实际操作建议：

   • 建议您首先咨询当地的土地管理部门或农村集体经济组织，了解具体的政策规定和操作流程。
   • 在咨询过程中，提供详细的继承情况说明和相关证明材料，以便工作人员能够更准确地为您解答问题。
   • 如果双方无法协商一致，可以考虑通过法律途径解决争议，如向当地人民法院提起诉讼等。

综上所述，一宅两户继承下来的一户非农一户农在确权登记时，主申请人的确定并非简单明了，而是需要综合考虑多种因素。因此，建议您在咨询当地相关部门的基础上，根据实际情况和政策规定来做出决策。