若法院判决已生效，双方又达成新协议的，可通过以下方式处理，具体取决于协议内容与执行阶段：

1. 协议内容不涉及原判决履行方式变更的
   若新协议仅对原判决的履行细节（如付款时间、方式）进行补充约定，且不违反法律强制性规定或公序良俗，双方可自行履行。例如，原判决要求被告支付10万元赔偿金，新协议约定分期支付（首期3万，剩余每月1万），此类约定有效，但需注意保留书面证据（如签字协议、转账记录），避免后续纠纷。

2. 协议内容涉及原判决权利义务变更的
   若新协议实质性修改了原判决的核心内容（如减少赔偿金额、免除部分责任），需通过法定程序确认效力，否则原判决仍需执行。具体操作如下：

   • 执行和解：在执行阶段（即判决生效后，一方申请强制执行前或执行过程中），双方可向法院提交《执行和解协议》，由法院审查后出具《执行裁定书》确认。若一方未按和解协议履行，另一方可申请恢复原判决执行，或就和解协议另行起诉。
     
   • 另诉确认：若判决已进入执行阶段，但双方未选择执行和解，而是直接签订新协议，此时新协议属于普通民事合同。若一方反悔，另一方可依据新协议单独起诉，要求履行或承担违约责任，但原判决的强制执行力不受影响（即原判决仍可申请执行）。

3. 协议内容涉及撤销原判决的
   若双方希望彻底推翻原判决（如因新证据出现、原判决存在错误），需通过审判监督程序（再审）解决。此时，新协议可作为“再审新证据”提交法院，但能否启动再审需由法院审查决定。需注意，再审期间原判决不停止执行，除非法院裁定中止执行。

风险提示：

• 未经法院确认的和解协议，若一方反悔，另一方可能面临“执行回转”风险（即已执行的财产需返还）。
  
• 若新协议涉及第三人利益（如原判决涉及多人赔偿），未经第三人同意的变更可能无效。
  
• 建议所有协议均采用书面形式，并明确约定“若一方违约，另一方有权选择按原判决执行或按本协议追究责任”，以增加灵活性。

操作建议：

1. 优先通过执行和解程序，由法院出具裁定书，确保协议效力与原判决衔接；
   
2. 若无法执行和解，在新协议中明确约定“本协议与原判决冲突时，以本协议为准”，并保留履行证据；
   
3. 涉及重大利益变更时，可委托律师起草协议，避免条款漏洞。
   

如有具体协议内容或执行阶段疑问，可进一步向我说明，我会结合细节提供更精准的建议。