公司单方让员工退出项目并只发基本工资的行为，是否违法需分情况讨论。以下是我从不同角度为你进行的分析：
一、劳动合同的约定
若劳动合同中有明确约定：如果劳动合同中明确规定了员工在特定项目中的工作内容、薪酬结构以及项目退出时的薪酬处理方式，且公司单方让员工退出项目并只发基本工资的行为符合合同中的相关条款，那么这种行为可能不违法。但前提是合同条款本身不违反法律法规的强制性规定，且公司在执行过程中没有违反合同约定的程序或条件。
若劳动合同中无明确约定或约定不明：如果劳动合同中没有明确规定项目退出时的薪酬处理方式，或者规定不明确，那么公司单方决定只发基本工资的行为就可能缺乏合同依据。在这种情况下，公司的行为可能构成违法，因为它可能侵犯了员工的合法权益，如获得全额工资的权利。
二、法律法规的规定
工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司单方让员工退出项目并只发基本工资，而基本工资低于员工应得的全额工资，且没有合法理由（如员工严重违反公司规章制度等），那么公司的行为就违反了工资支付的规定。
变更劳动合同的程序：如果公司需要变更与员工签订的劳动合同（如调整工作内容、薪酬等），应当与员工协商一致，并采用书面形式进行变更。如果公司未经员工同意，单方变更劳动合同内容（如降低薪酬），那么这种行为也是违法的。
三、实际操作中的建议
与公司协商：如果你认为公司的行为违法或不合理，首先可以尝试与公司进行协商，寻求合理的解决方案。在协商过程中，你可以要求公司提供合理的解释和依据，并表达自己的诉求和期望。
寻求法律援助：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，而法律援助机构则可以为你提供专业的法律咨询和代理服务。
保留证据：在整个过程中，你应当注意保留相关证据，如劳动合同、工资单、项目退出通知等。这些证据将有助于你维护自己的合法权益，并在必要时作为法律诉讼的依据。
总结来说，公司单方让员工退出项目并只发基本工资的行为是否违法，取决于劳动合同的约定、法律法规的规定以及实际操作中的具体情况。如果你认为公司的行为违法或不合理，建议及时与公司协商并寻求法律援助。如果你有任何进一步的疑问或需要更多的帮助，请随时向我咨询。