核心结论：在多个书面永久居住权协议并存的情况下，哪个协议为主需根据协议签订时间、内容合法性及当事人真实意思表示综合判断，具体分析如下：

1. 时间优先原则
   若多个协议内容无冲突，通常以最后签订的协议为准。根据《民法典》第465条，依法成立的合同受法律保护，后协议可能因当事人意思表示变更而覆盖前协议。例如：若2020年签订的协议约定“A享有永久居住权”，2023年重新签订协议明确“B享有永久居住权”，则以2023年协议为准。

2. 内容合法性优先
   若协议内容存在违法条款（如违反公序良俗、强制剥夺居住权等），该部分条款无效，但不影响其他合法条款效力。例如：若某协议约定“居住权人需每月支付高额费用，否则丧失权利”，此条款可能因显失公平被认定无效，但协议中关于居住权期限、范围等合法约定仍有效。

3. 真实意思表示优先
   若协议存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，受损害方可请求法院或仲裁机构撤销协议，此时以未被撤销的合法协议为准。例如：若房产人被胁迫签订多份协议，实际仅想授予一人居住权，受胁迫签订的协议可被撤销，恢复至前一份有效协议状态。

4. 协议形式与登记效力
   根据《民法典》第368条，居住权自登记时设立。若仅部分协议办理了居住权登记，则已登记的协议优先。例如：房产人与A、B分别签订协议，但仅与A办理了登记，则B的协议虽成立但未生效，A的居住权受法律保护。

行动建议：

• 梳理所有协议签订时间、内容及登记情况；
  
• 核对协议是否存在违法或可撤销情形；
  
• 优先以最后签订、内容合法且已登记的协议为准；
  
• 若存在争议，建议固定证据（如协议原件、沟通记录等）并通过法律途径解决。
  

如有具体协议内容或纠纷细节，可直接向我咨询，我会结合证据进一步分析。