结论前置：在司法鉴定中，若未经过质证的材料被用于鉴定，当事人确实可以主张程序违法，并可能因此不认可鉴定结果。不过，具体能否被采纳还需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：

1. 程序合法性的基本要求：

   • 在司法程序中，质证是确保证据真实性和合法性的重要环节。未经质证的证据，其真实性和关联性往往无法得到确认，因此，将其作为司法鉴定的依据，显然违反了程序合法性的基本要求。
   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。未经质证的证据，不得作为认定案件事实的依据。这一原则同样适用于司法鉴定过程，因为司法鉴定是司法程序的一部分，其目的也是为了辅助法庭认定案件事实。

2. 当事人主张程序违法的权利：

   • 当事人作为司法程序的参与者，有权对违反法定程序的行为提出异议。若发现司法鉴定中使用了未经质证的材料，当事人可以及时向法庭提出，主张程序违法，并要求重新进行鉴定或排除该鉴定结果。
   • 当事人的这一权利是基于程序公正和实体公正的双重考虑。程序公正要求司法过程必须遵循法定程序，确保当事人的合法权益得到保障；实体公正则要求司法结果必须基于真实、合法的证据作出。未经质证的材料作为鉴定依据，显然无法同时满足这两个要求。

3. 法庭对当事人主张的审查与处理：

   • 当当事人提出程序违法的异议时，法庭应当进行审查。审查的内容包括但不限于：鉴定材料的来源、是否经过质证、鉴定过程的合法性等。
   • 若法庭经审查认为当事人的主张成立，即司法鉴定确实存在程序违法的情况，那么法庭可能会采取以下措施：一是要求重新进行鉴定；二是排除该鉴定结果，不将其作为认定案件事实的依据；三是根据具体情况，对违反法定程序的责任人进行相应的法律制裁。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 当事人在发现司法鉴定中存在程序违法的情况时，应当及时向法庭提出异议，并尽可能提供相关的证据材料以支持自己的主张。
   • 同时，当事人也应当了解，即使提出了程序违法的异议，法庭是否采纳以及如何处理，还需根据具体情况和法律规定进行综合判断。因此，当事人在主张权利时，应当保持理性，积极配合法庭的审查工作。

法律建议：若您在司法鉴定过程中发现使用了未经质证的材料，建议您及时向法庭提出异议，并详细说明情况。同时，您也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。在处理此类问题时，我会根据您的具体情况，结合相关法律法规和司法实践，为您提供全面、专业的法律服务。