以租代征在基本农田上建厂房是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

1. 法律禁止性规定：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，国家实行土地用途管制制度，严格限制农用地转为建设用地。基本农田是农用地中的精华部分，受到更为严格的保护。任何单位和个人不得擅自占用基本农田进行非农业建设，包括建厂房等。
   • “以租代征”是一种规避法定农用地转用审批手续的违法行为。它通过租赁农村集体土地的方式，将农用地转为建设用地使用，从而绕过了土地管理法的相关规定。这种行为不仅违反了土地用途管制制度，也损害了农民的合法权益。

2. 法律后果：

   • 对于以租代征在基本农田上建厂房的行为，相关政府部门有权责令限期改正，恢复土地原状，并可以处以罚款。
   • 如果该行为构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。例如，非法占用农用地罪等。

3. 实际操作中的风险：

   • 从实际操作角度来看，以租代征在基本农田上建厂房存在极大的法律风险。一旦被发现，不仅厂房可能面临被拆除的风险，相关责任人还可能面临法律制裁。
   • 此外，这种行为还可能引发社会矛盾和不稳定因素，如农民与租地者之间的纠纷等。

4. 合法途径：

   • 如果确实需要在基本农田上进行非农业建设，如建厂房等，必须依法办理农用地转用审批手续。这包括向相关部门提出申请、提交必要的材料、经过审批等程序。
   • 在获得审批后，还需要按照相关规定进行土地征收、补偿安置等工作，确保农民的合法权益得到保障。

建议：

• 如果你或他人正在考虑以租代征在基本农田上建厂房，我强烈建议你放弃这一想法。这种行为不仅违法，而且风险极大。
• 如果你确实需要进行非农业建设，如建厂房等，请依法办理相关手续，确保合法合规。
• 如果你对土地管理法等相关法律法规有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。