核心结论：治疗未结束且肇事方不在理赔协议上签字，保险公司不一定会拒赔，具体需结合保险合同条款、事故责任认定及实际理赔流程综合判断。以下分情况详细说明：
1. 若保险合同未明确要求“肇事方签字”为理赔前提
- 保险公司无权单方拒赔：根据《保险法》第22条，保险事故发生后，投保人/被保险人/受益人只需提供“证明事故性质、原因、损失程度”的证明材料（如事故认定书、医疗记录等），保险公司即应启动核定程序。肇事方是否签字不属于法定理赔要件，除非合同明确约定。
- 例外情形：若合同中存在“需被保险人与第三方共同确认损失”等条款，且保险公司能证明该条款已向投保人明确说明（如加粗提示、单独告知），则可能以“材料不全”为由暂缓理赔，但非绝对拒赔。
2. 若肇事方拒绝签字的原因影响责任认定
- 责任未明确时可能暂缓理赔：若事故责任尚未通过交警《事故认定书》或法院判决确定，保险公司可能以“责任比例无法确定”为由要求补充材料。此时需优先通过交警或诉讼明确责任，再向保险公司主张赔偿。
- 责任明确后肇事方仍拒签：若责任已明确（如交警认定肇事方全责），其签字仅是程序性确认，不影响保险公司根据责任比例赔付。保险公司若拒赔，可依据《保险法》第23条要求其说明理由，或通过银保监会投诉、诉讼解决。
3. 治疗未结束时的理赔处理
- 医疗费可分阶段理赔：根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第31条，保险公司应在交强险医疗费用限额内先行赔付已发生的合理医疗费，无需等待治疗结束。商业险同理，若合同未约定“治疗终结后一次性赔付”，保险公司应分阶段受理。
- 后续费用可保留追偿权：若治疗未结束，可要求保险公司出具《理赔意见书》，明确已赔付金额及剩余可赔范围，待治疗终结后补充材料申请剩余赔偿。
行动建议
- 立即收集证据：包括事故认定书、医疗记录、费用清单、保险合同等，证明事故真实性、责任比例及损失金额。
- 书面催告保险公司：若保险公司以“肇事方未签字”为由拒赔，可发送律师函或书面申请，要求其依据合同和法律履行赔付义务。
- 投诉或诉讼：若协商无果，可向当地银保监会投诉（12378热线），或直接起诉保险公司及肇事方（若涉及商业险赔付不足部分）。
提示：保险理赔涉及合同解释、证据规则等专业问题，建议根据具体案情进一步分析。若有相关材料或细节需要讨论，可直接向我咨询。