针对“员工旷工三天怎么处理合法”这一问题，我们需要从法律框架、公司规章制度以及具体案例三个维度进行综合分析，以确保处理方式的合法性与合理性。

一、法律框架

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，旷工是指员工无正当理由未按照规定时间到岗工作，且未获得公司批准的行为。对于旷工的处理，法律并未直接规定具体的处罚措施，而是赋予了公司根据自身情况制定规章制度的权利。然而，这些规章制度必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。

二、公司规章制度

1. 明确旷工定义：公司应在规章制度中明确旷工的定义，包括何种情况构成旷工、旷工的认定标准等。

2. 规定处罚措施：规章制度中应明确旷工的处罚措施，如警告、罚款、解除劳动合同等。对于旷工三天的处理，公司可以设定相应的处罚条款，但必须确保这些条款不违反法律法规的强制性规定，且已向员工公示或告知。

3. 遵循程序正义：在处理旷工事件时，公司应遵循程序正义原则，确保员工的申诉权、听证权等得到保障。例如，在解除劳动合同前，应给予员工解释和申诉的机会。

三、具体案例分析

1. 案例一：出差归来直接回家

   • 情况概述：员工出差归来后未返回公司直接回家，被公司以旷工为由解除劳动合同。
   • 法院判决：法院认为，公司规章制度并未明确规定员工因工出差返回当日是否应返回公司，且员工出差多日返回当日直接回家符合人性化管理需要，公司属违法解除劳动关系。
   • 启示：公司在处理类似情况时，应充分考虑实际情况和人性化管理需要，避免机械认定旷工。

2. 案例二：员工拒绝调岗仍在原岗打卡

   • 情况概述：员工拒绝公司降职调岗决定，仍在原岗位打卡，被公司以旷工为由解除劳动合同。
   • 法院判决：法院认为，公司调岗决定缺乏事实和法律依据，且未与员工充分协商，员工有权拒绝至新岗位报到而继续在原岗位打卡，不属于旷工行为。
   • 启示：公司在调整员工工作岗位时，应确保调岗决定的合法性和合理性，并与员工充分协商，避免单方面违法解除劳动合同。

四、合法处理建议

针对员工旷工三天的处理，公司可以采取以下合法措施：

1. 核实旷工事实：首先，公司应核实员工的旷工事实，包括旷工的时间、原因等，确保处理依据的准确性。

2. 依据规章制度处理：根据公司的规章制度，对旷工三天的员工给予相应的处罚，如警告、罚款等。若规章制度中规定旷工三天可解除劳动合同，且该规定合法有效，公司可以考虑解除劳动合同。

3. 遵循程序正义：在处理过程中，公司应确保员工的申诉权、听证权等得到保障，避免程序违法导致处理结果无效。

4. 考虑人性化因素：在处理旷工事件时，公司也应考虑人性化因素，如员工旷工的原因、是否有特殊情况等，避免过于严厉的处理导致员工不满或引发劳动争议。

综上所述，公司在处理员工旷工三天的问题时，应确保处理方式的合法性与合理性，遵循法律法规和公司规章制度的规定，同时考虑人性化因素，以维护良好的劳动关系和公司形象。