结论：员工旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同以及地方性法规来判断。
法律背景与依据
《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》：
- 这两部法律是调整劳动关系的基本法律，它们规定了劳动者和用人单位的基本权利和义务。
- 根据这些法律，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 同时，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
公司规章制度与劳动合同：
- 公司规章制度和劳动合同是用人单位与劳动者之间约定权利和义务的重要文件。
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了旷工一天扣三天工资的条款，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在显失公平、欺诈、胁迫等情形，那么该条款在理论上可能是有效的。
- 然而，即使规章制度或劳动合同中有这样的规定，也并不意味着它一定合法。因为，根据《劳动法》和《劳动合同法》的原则，劳动者的劳动报酬应当与其实际提供的劳动相对应。旷工一天扣三天工资，实际上是对劳动者劳动报酬的过度扣减，可能违反了按劳分配的原则。
地方性法规与司法实践：
- 不同地区可能有不同的地方性法规或司法实践，对旷工扣工资的问题有不同的规定或解释。
- 在一些地区，法院或劳动仲裁机构可能认为旷工一天扣三天工资的做法显失公平，从而不支持用人单位的这一做法。
法律建议与可能后果
对于用人单位：
- 建议用人单位在制定规章制度或签订劳动合同时，遵循公平、合理的原则，避免设置过于苛刻的扣款条款。
- 如果确实需要设置扣款条款，应当确保该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在显失公平、欺诈、胁迫等情形。
- 同时，用人单位应当加强员工管理，通过培训、沟通等方式提高员工的纪律意识，减少旷工等违纪行为的发生。
对于劳动者：
- 如果遇到用人单位旷工一天扣三天工资的情况，劳动者可以先与用人单位协商解决。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 需要注意的是，劳动者在申请劳动仲裁或提起诉讼时，应当提供充分的证据证明自己的主张，如工资条、考勤记录、劳动合同等。
可能后果：
- 如果用人单位旷工一天扣三天工资的做法被认定为违法，那么用人单位可能需要向劳动者支付被扣减的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
- 同时，这种违法行为也可能影响用人单位的声誉和形象，对用人单位的长期发展产生不利影响。
举例说明：假设某员工月工资为6000元，每天工资为200元（按30天计算）。如果该员工旷工一天，按照旷工一天扣三天工资的做法，用人单位将扣减600元。然而，这种做法可能违反了按劳分配的原则，因为员工实际上只旷工了一天，只应扣减当天的工资200元。如果员工对此提出异议并申请劳动仲裁，仲裁机构可能会支持员工的请求，要求用人单位支付被扣减的400元工资。
总结：员工旷工一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。用人单位在制定规章制度或签订劳动合同时应当遵循公平、合理的原则，避免设置过于苛刻的扣款条款。如果遇到相关问题，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。