如果公司有两个主体，发生工伤时，一般应向实际用工主体主张赔偿，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、实际用工主体明确的情况
法律关系：
- 在劳动关系中，通常遵循“实际用工”原则。即，哪个主体实际雇佣了你，与你建立了事实上的劳动关系，哪个主体就应当承担工伤赔偿责任。
- 例如，你被A公司招聘，但实际在B公司工作，且B公司是A公司的子公司或关联公司。如果B公司是实际用工方，那么发生工伤时，你应向B公司主张赔偿。
证据收集：
- 在这种情况下，你需要收集能够证明你与实际用工主体之间存在劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录、工作邮件等。
- 同时，如果可能的话，尽量获取能够证明两个主体之间关系的证据，如公司间的合作协议、内部调令等，以备不时之需。
赔偿流程：
- 一旦确认实际用工主体，你应按照《工伤保险条例》的规定，向该主体提出工伤认定申请。
- 如果实际用工主体拒绝承认劳动关系或拒绝赔偿，你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
二、实际用工主体不明确或存在争议的情况
法律关系分析：
- 如果两个主体都声称与你没有劳动关系，或者都拒绝承担工伤赔偿责任，那么情况就变得复杂了。
- 在这种情况下，你可能需要借助法律手段来查明真相，确定哪个主体才是真正的用工方。
证据收集与法律程序：
- 你需要收集所有可能的证据，包括但不限于招聘广告、面试记录、入职通知、工作安排、工资支付记录等，以证明你与某个主体之间存在劳动关系。
- 如果证据不足或存在争议，你可能需要申请劳动仲裁或提起诉讼，由仲裁机构或法院来查明事实并作出裁决。
连带责任的可能性：
- 在某些特殊情况下，如果两个主体之间存在关联关系或共同用工行为，法院可能会判决它们承担连带责任。
- 这意味着，你可以向任何一个主体主张全部或部分赔偿，而该主体在赔偿后有权向另一个主体追偿。
三、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 工伤赔偿案件往往涉及复杂的法律关系和证据收集问题，因此建议你及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。
保留所有相关证据：
- 无论是与哪个主体之间的劳动关系证据，还是工伤发生的证据，都应妥善保留，以备不时之需。
关注时效问题：
- 工伤赔偿案件有时效限制，因此你应在规定的时间内提出工伤认定申请和赔偿请求，以免错过时机。
如果你在公司有两个主体的情况下发生了工伤，不要慌张。首先尝试确定实际用工主体，并收集相关证据。如果遇到困难或争议，及时向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议和帮助。