若您在诉讼中同时起诉了两家公司，但法院仅对其中一家公司立案，您可以根据以下不同情况采取相应措施：
若另一家公司不符合立案条件：
- 法院在审查起诉材料时，若发现另一家公司不符合立案条件（如主体不适格、超过诉讼时效、缺乏明确的诉讼请求或事实理由等），会决定不予立案。此时，您需要仔细审查不予立案的原因，并评估是否可以通过补充材料或调整诉讼请求来满足立案条件。若认为法院的决定有误，您可以在法定期限内提出上诉或申请复议。
若另一家公司因管辖问题未被立案：
- 如果另一家公司因管辖问题（如不在受理法院的管辖范围内）未被立案，您可以选择向有管辖权的法院重新提起诉讼。在重新起诉前，请确保了解并遵守相关法院的管辖规定，以避免再次因管辖问题导致立案失败。
若您希望将两家公司作为共同被告：
- 如果您认为两家公司应作为共同被告参与诉讼（例如，它们共同实施了侵权行为或共同承担了合同义务），但法院仅对其中一家立案，您可以向法院提出申请，要求追加另一家公司为共同被告。在申请时，您需要提供充分的证据和理由，以证明另一家公司与案件具有直接的利害关系。
若您考虑分案处理：
- 如果两家公司涉及的法律关系相对独立，或者您认为分案处理更有利于案件的审理和解决，您可以考虑分别向有管辖权的法院对两家公司提起诉讼。在分案处理时，请注意保持案件之间的关联性和一致性，以避免出现矛盾或重复的判决结果。
在处理此类情况时，建议您采取以下措施：
- 仔细审查法院的决定：了解法院不予立案或仅对部分被告立案的具体原因，以便有针对性地采取措施。
- 咨询专业律师：虽然我能够为您提供一定的法律指导，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理复杂或疑难案件时，建议您咨询具有丰富经验的律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
- 准备充分的证据和材料：无论您选择哪种处理方式，都需要准备充分的证据和材料来支持您的诉讼请求。这包括但不限于合同、协议、交易记录、通信记录、证人证言等。
- 遵守法律程序和规定：在处理诉讼事务时，请务必遵守法律程序和规定，如诉讼时效、管辖规定、证据提交要求等。以避免因程序问题导致案件处理受阻或败诉。
如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，欢迎随时向我咨询。我会根据您的具体情况和需求，为您提供专业、全面的法律建议和帮助。