休年假扣年终奖是否合法，主要取决于劳动合同约定、公司规章制度以及相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同与公司规章制度的约定

   • 劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了休年假会扣除一定比例的年终奖，那么公司在员工休年假时按照合同约定扣除年终奖，在合同条款本身合法且不违反强制性法律规定的前提下，是合法的。但需注意，合同条款不得违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效。
   • 公司规章制度：公司的规章制度如果经过民主程序制定并公示，且内容不违反法律法规的强制性规定，其中关于休年假扣除年终奖的规定也是有效的。然而，规章制度必须合理合法，不能随意设定扣款标准，且应确保员工的知情权。

2. 法律法规的规定

   • 工资支付保障：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为劳动者工资的一部分（如果劳动合同或规章制度中有明确规定），同样受到法律保护。因此，公司不能随意以休年假为由扣除员工的年终奖。
   • 年假性质：年假是劳动者的法定休息权利，与事假、病假等性质不同。年假期间，劳动者应视为正常出勤，享受与正常工作期间相同的工资待遇，包括年终奖（如果年终奖与出勤挂钩且年假期间应计入出勤的话）。
   • 扣款合法性界限：若公司规章制度或劳动合同未明确将年假与年终奖挂钩，或扣款比例超出法定范围（如扣除后工资低于当地最低工资标准），则属于违法行为。此外，因员工依法享受年假而扣发奖金的行为也构成违法。

3. 实际操作的考量因素

   • 扣款合理性：即使劳动合同或规章制度中有相关规定，公司在执行时也需要考虑扣款的合理性。例如，扣款金额应与年假的天数和性质相匹配，不能过度惩罚员工。
   • 沟通与协商：在处理此类问题时，公司应与员工进行充分的沟通和协商，解释扣款的原因和依据，避免引发不必要的劳动争议。

法律建议：

• 如果您发现公司以休年假为由扣除年终奖，首先应查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。
• 如果合同或制度中有明确规定且合法合理，您可以与公司沟通了解扣款的具体原因和依据。
• 如果合同或制度中没有相关规定，或者规定违法不合理，您可以向公司提出异议，并要求公司补发被扣除的年终奖。
• 如果公司拒绝补发，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司擅自扣除员工年假期间的年终奖，且无法提供合法合理的依据，可能构成对工资的克扣行为，违反相关法律法规。
• 在这种情况下，员工有权要求公司补发被扣除的年终奖，并可能获得相应的赔偿（如加付赔偿金等）。

总之，休年假扣年终奖是否合法需根据具体情况判断。如果您对此有疑问或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。