结论前置：劳动者在休带薪年休假期间，用人单位扣除其全勤奖一般是不合法的，但具体还需结合用人单位的规章制度及劳动合同中的相关条款来判断。
法律分析
年休假与全勤奖的法律性质
年休假：根据《职工带薪年休假条例》，连续工作1年以上的职工享受带薪年休假，这是劳动者的法定权利。在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入，这包括基本工资、奖金、津贴等所有工资性收入。
全勤奖：全勤奖是用人单位为激励员工全勤上班而设置的奖励机制，属于内部管理和薪酬分配范畴。虽然法律法规并未对全勤奖作出强制性规定，但其发放条件和标准通常由用人单位通过规章制度或劳动合同明确。
扣全勤奖的合法性判断
不合法情形：若用人单位的规章制度或劳动合同中未明确规定休年休假会影响全勤奖的发放，则员工休年休假是合法行使权利，用人单位不得以此为由扣除全勤奖。因为年休假是带薪休假，员工在休假期间的工资待遇（包括全勤奖）不应受影响。
可能合法的情形（但需谨慎）：若用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了全勤奖的定义及考核条件，并且这些规定的制定经过了合法的民主程序（如职工代表大会讨论、公示等），同时明确将休年休假纳入缺勤范围，则理论上用人单位可以依据这些规定扣除全勤奖。然而，这种规定必须在合理范围内，且不得违背法律法规的基本原则和精神，特别是不能侵犯劳动者的合法权益。但通常情况下，将休年休假视为缺勤并扣除全勤奖的做法，很难被认定为合理且合法。
劳动者的维权途径
如果劳动者认为用人单位扣除全勤奖的行为不合法，首先应与用人单位进行协商沟通，要求用人单位说明扣奖依据。
协商不成时，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行查处。
劳动者还可以申请劳动仲裁，通过劳动仲裁机构来裁决用人单位是否应补发全勤奖及可能的赔偿。
总结与建议
劳动者在休带薪年休假期间，其全勤奖不应被随意扣除。用人单位应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果发生纠纷，劳动者应积极通过协商、投诉或劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。同时，建议劳动者在入职时仔细阅读并了解公司的规章制度及劳动合同中的相关条款，以便在发生纠纷时能够更好地维护自己的权益。
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