休年假扣奖金通常是不合法的，单位应当保证职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入，包括奖金部分。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《职工带薪年休假条例》第二条：

   • 明确规定了职工在连续工作1年以上后，有权享受带薪年休假。单位应当保证职工享受这一权利，并且在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，奖金作为工资的一部分，在年休假期间同样不应被扣减。

2. 《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条：

   • 进一步细化了工资构成的计算方式，并强调了职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，这自然包括了作为工资组成部分的奖金。

3. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：

   • 规定用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖或奖金作为劳动者工资的一部分，同样受到法律保护。因此，公司不能随意以休年假为由扣除员工的奖金。

二、详细情况分析

1. 规章制度不能违背法律：

   • 即使用人单位的规章制度中规定了休年假扣奖金的内容，这种规定也是违法的，不具有法律效力。因为休年假是职工的合法权利，用人单位应保障职工在休假期间的合法权益，包括正常的工资待遇和奖金。

2. 奖金发放标准需合法：

   • 虽然奖金的发放通常取决于用人单位的规章制度或与劳动者的约定，但如果规章制度中将休年假视为未出勤并影响相关考核指标，从而扣发奖金，这也是不合法的。用人单位应通过合法程序调整奖金发放标准，而不能直接扣发奖金。

3. 例外情况：

   • 如果用人单位拥有完善的奖金制度，并且该制度已经过民主程序制定并向员工公示，同时明确规定奖金与员工的出勤天数、工作业绩等具体指标挂钩，那么在年休假期间，若员工未能满足这些指标要求（这种情况较为罕见，因为年休假是职工的合法权利，不应影响其正常考核），单位在有合理依据和合法程序的情况下，扣除相应奖金可能具有一定合理性。但需注意的是，即使存在这样的奖金制度，其也必须符合法律规定，不能违反《职工带薪年休假条例》及《劳动法》的基本原则。

三、劳动者权益保护

• 如果单位存在违法扣发年休假期间奖金的行为，劳动者有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
  1. 协商：首先可以与用人单位进行协商，要求其补发被扣的奖金，恢复应有的待遇。
  2. 投诉：若协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令单位改正并支付相应报酬。
  3. 劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结来说，休年假扣奖金通常是不合法的，单位应确保职工在年休假期间享受完整的工资待遇，包括奖金部分。只有在特定且合法的情况下，单位才可能根据完善的奖金制度对奖金进行适当调整。如果您遇到了此类问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。