关于工厂抽烟罚款2000元是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多个因素，包括工厂的规章制度、罚款的合理性、证据的确凿性，以及是否符合相关法律法规的规定。
首先，从工厂规章制度的角度来看：
工厂为了维护安全生产和秩序，通常会制定一系列规章制度，其中可能包括禁止在厂内抽烟的规定。这些规定如果经过合法程序制定并公示，员工在入职时或工作过程中应当知晓并遵守。若员工违反此规定，工厂有权根据既定标准进行处罚。然而，处罚的合理性是关键。罚款金额应与实际损失相匹配，不得过高或过低。若罚款金额明显超出员工违规行为可能给工厂造成的损失，或与工厂内其他类似违规行为的处罚尺度严重不匹配，其合理性将受到质疑。
其次，从证据确凿性的角度来看：
工厂在处罚员工前，必须提供确凿的证据证明员工的违规行为。这通常包括现场拍照、监控录像、目击证人证言或员工自认等。在没有确凿证据的情况下，工厂仅凭主观臆断或猜测对员工进行罚款，是缺乏事实依据的，员工有权提出异议。
再者，从法律法规的角度来看：
工厂作为企业，不具有行政处罚权。其对员工的处罚是基于劳动合同和内部规章制度的一种管理手段，而非行政处罚。因此，工厂不得以类似行政处罚的方式对员工进行高额罚款。根据《中华人民共和国劳动法》和相关法律法规的规定，用人单位对劳动者进行罚款应谨慎，并确保不侵犯劳动者的合法权益。若罚款金额过高或不合理，可能构成对劳动者财产权的侵犯，是不合法的。
针对您提出的具体问题：
如果工厂对员工在厂内抽烟行为罚款2000元，但缺乏合法且合理的规章制度支持，或者无法提供确凿的证据证明员工的违规行为，或者罚款金额明显过高或不合理，那么这种罚款行为很可能是不合法的。
建议：
与工厂沟通协商：首先与工厂管理层进行沟通，要求工厂提供证据并说明罚款的合理性。通过协商，有时可以解决问题或达成和解。
了解并维护自身权益：如果认为罚款行为不合法或不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在申诉过程中，员工应提供自己未违规的相关证据，以支持自己的主张。
自觉遵守规章制度：同时，员工也应自觉遵守工厂的规章制度，不在厂内抽烟，以确保自身和他人的安全与健康。
综上所述，工厂抽烟罚款2000元是否合法，取决于多个因素的综合考量。员工在面对不合理罚款时，应通过合法途径积极维护自己的权益。