关于公司扣员工工资交社保是否合法的问题，这主要取决于扣除的具体情况和是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、合法扣缴社保费用的情形
代扣代缴法定款项：
- 根据相关法律法规，公司有权依法代扣代缴员工的社会保险费用，这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等。这些费用是员工个人应承担的部分，公司按照规定的基数和比例从工资中代扣代缴是合法的。
社保政策调整或补缴费用：
- 若当地社保政策发生变化，如缴费基数上下限调整、缴费比例变动等，导致社保费用增加，公司按新规定扣缴是合规的。
- 若存在应补缴前期社保欠费等情况，经合法程序核算后多扣部分用于补缴，也是合理的。但在这两种情况下，公司都有义务向员工清晰说明情况。
二、非法扣缴社保费用的情形
随意提高缴费基数或比例：
- 未经法定程序和员工同意，公司擅自提高计算社保费用的基数或比例，导致多扣钱，这是违反社保法规要求的，也是不合法的。
无明确规章制度依据或超出法定扣除范围：
- 如果公司没有制定合法有效的规章制度，或者规章制度未明确规定扣社保费用的情形，那么公司随意扣除员工工资用于社保是不合法的。
- 公司不能因非法定或合同约定的理由而擅自扣减员工工资用于社保。
三、员工的权益与救济途径
了解扣费依据：
- 员工有权要求公司说明扣社保费用的依据，包括缴费基数、比例以及是否存在政策调整或补缴情况等。
与公司沟通协商：
- 如果员工发现公司扣社保费用存在不合理之处，应先与公司财务或人力资源部门沟通，要求对方说明扣费依据，并表达自己的诉求。
向相关部门投诉或申请仲裁：
- 若沟通无果，员工有权向当地劳动监察部门投诉，或者向社会保险经办机构反映情况，以维护自身合法权益。
- 员工还可以选择向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司返还多扣的社保费用，并可通过法律途径寻求进一步救济。
四、公司的法律责任
- 公司在扣除员工社保费用时，必须严格遵守相关法律法规的规定，确保扣除的社保费用符合法定比例和标准。
- 如果公司擅自更改扣除比例或多扣员工社保费用，将承担相应的法律责任，包括但不限于返还多扣的费用、赔偿员工的损失以及可能面临的行政处罚等。
综上所述，公司扣员工工资交社保在符合法律法规和规章制度的前提下是合法的，但必须确保扣除的社保费用符合法定比例和标准，并向员工清晰说明情况。如果员工发现公司扣社保费用存在不合理之处，有权通过沟通协商、投诉或仲裁等途径来维护自身合法权益。