合同无效条款不能直接按照格式条款进行处罚，因为无效条款自始不具有法律约束力，而格式条款的处罚通常依赖于合同的有效性。以下从几个角度详细分析这一问题：

一、合同无效的法律后果

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，一旦合同或合同中的某一条款被认定为无效，该条款就不能再作为约束双方行为的依据，也不能作为处罚的依据。无效合同的处理原则主要是返还财产、折价补偿以及过错赔偿损失，而非执行合同中的违约或处罚条款。

二、格式条款无效的情形

格式条款在以下情形下可能被认定为无效：

1. 违反法律、行政法规的强制性规定：如果格式条款的内容违反了法律或行政法规的强制性规定，该条款将自始无效。
2. 违背公序良俗：如果格式条款的内容违背了社会公共利益或善良风俗，该条款也将被认定为无效。
3. 不合理地免除或减轻责任、加重对方责任、限制对方主要权利：提供格式条款的一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利的，该条款无效。
4. 排除对方主要权利：如果格式条款排除了对方的主要权利，如知情权、选择权等，该条款同样无效。
5. 未履行提示或说明义务：对于与对方有重大利害关系的条款，如果提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。

三、合同无效与格式条款处罚的关系

由于无效条款自始不具有法律约束力，因此不能依据无效的格式条款进行处罚。即使该格式条款在合同中明确规定了处罚措施，但由于合同或条款本身无效，这些处罚措施也无法得到法律的支持。

四、实际处理建议

1. 确认条款无效：在涉及合同纠纷时，首先应确认合同或相关条款的效力。如果合同或条款存在无效情形，则不能依据其主张权利或进行处罚。
2. 协商修改或补充：如果合同中的某些条款被认定为无效，但双方仍有继续合作的意愿，可以尝试通过协商的方式对无效条款进行修改或补充，以达成新的有效约定。
3. 追究过错责任：如果因合同无效或格式条款无效给一方造成了损失，受损害方可以要求过错方承担相应的赔偿责任。这种赔偿责任是基于侵权或缔约过失责任，而非违约责任。赔偿的具体数额应根据实际损失和双方的过错程度来确定。

五、举例说明

假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中包含一条格式条款：“若乙方逾期交货，需支付合同总金额20%的违约金。”后来，该合同因违反法律强制性规定被认定为无效。在此情况下，乙方即使逾期交货，也不能依据该无效的格式条款支付违约金。但如果甲方因乙方逾期交货而遭受了实际损失（如为准备接收货物而支出的合理费用），甲方可以根据乙方的过错程度要求其赔偿相应的损失。

综上所述，合同无效条款不能直接按照格式条款进行处罚。在处理此类问题时，应依据相关法律法规和合同实际情况进行综合分析，并寻求合理的解决方案。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。