结论：施工合同结算时开发票金额是否可以超过施工合同金额，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定
   若施工合同中明确约定“结算时发票金额可超过合同金额”（例如因设计变更、工程量增减等导致实际结算价高于合同价），则属于合法有效的约定。此时，发票金额超过合同金额具有合同依据，双方应按实际结算金额开具发票并付款。
   法律依据：根据《民法典》第510条，合同生效后，当事人就质量、价款等未约定或约定不明的，可协议补充。若合同已明确允许超合同金额开票，则无需额外补充协议。

2. 合同无明确约定，但存在合法变更
   若合同未约定发票金额可超过合同价，但施工过程中因以下原因导致实际结算价高于合同价：

   • 设计变更（如增加工程量、更换材料）；
     
   • 不可抗力（如自然灾害导致工期延长、成本增加）；
     
   • 双方协商一致的其他合理原因。
     此时，双方应签订补充协议或通过签证单、会议纪要等形式确认变更内容，并按实际结算金额开票。
     风险提示：若未留存变更证据（如书面协议、沟通记录），开发商可能以“无合同依据”为由拒付超合同部分款项，甚至质疑发票真实性。

3. 无合法依据的超合同开票
   若实际结算价未高于合同价，或超出部分无合法变更依据（如施工方虚报工程量、双方恶意串通虚开发票），则可能涉及以下法律风险：

   • 税务风险：根据《税收征收管理法》第63条，虚开发票可能被认定为偷税，需补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍）；
     
   • 合同风险：开发商可依据《民法典》第154条主张合同无效（若恶意串通），或要求施工方返还超付部分；
     
   • 刑事风险：若虚开发票金额较大（如税款数额超10万元），可能构成《刑法》第205条虚开发票罪，最高可处7年有期徒刑。

实务建议：

• 施工前：在合同中明确约定“结算时发票金额以实际工程量为准，可超过合同金额”，并约定变更程序（如需双方签字确认）；
  
• 施工中：保留所有变更证据（如设计图纸、签证单、沟通记录），避免口头约定；
  
• 结算时：核对实际工程量与合同约定，确保发票金额与结算金额一致，避免虚开。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析风险点及应对方案。