用人单位扣保证金是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条明确规定，用人单位在招用劳动者时，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，也不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。这一规定直接禁止了用人单位以任何形式向劳动者收取保证金、押金或其他形式的财物。

对劳动者权益的影响

1. 侵犯合法权益：用人单位收取保证金的行为直接侵犯了劳动者的合法权益。劳动者有权拒绝这种不合法的要求，因为这是法律赋予劳动者的权利。
2. 法律责任：若用人单位执意收取保证金，将面临法律制裁。劳动监察部门可以责令用人单位限期退还劳动者本人所交的保证金，并对用人单位处以每人五百元以上二千元以下的罚款。此外，如果因用人单位的该违法行为给劳动者造成了损害，用人单位还需要承担相应的赔偿责任。

劳动者的应对措施

1. 明确拒绝：劳动者在入职时如遇用人单位要求交保证金，应明确拒绝这一不合法要求。这是维护自身权益的第一步，也是最重要的一步。
2. 投诉举报：若用人单位坚持要求交保证金，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉举报这种违法行为。劳动监察部门会依法进行调查处理，以维护劳动者的合法权益。
3. 法律途径维权：如果因为保证金问题与用人单位发生劳动争议，劳动者还可以通过劳动仲裁等法律途径来进一步维护自身的权益。劳动仲裁是一种有效的解决劳动争议的方式，能够公正、公平地处理双方之间的纠纷。

特殊情况说明

虽然一般情况下用人单位扣保证金是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，在劳务承揽和合法的劳务分包合同中，如果当事人具有民事行为能力，且约定交纳保证金是其真实意思表示，同时没有违反法律强制性规定和公序良俗，那么这样的约定是具有法律效力的。不过，这种情况并不适用于劳动合同，劳动合同中任何形式的保证金都是不合法的。

总结：用人单位扣保证金的行为在劳动合同中是不合法的，劳动者有权拒绝并可以采取相应的法律措施来维护自己的权益。如果遇到这种情况，不要害怕，要勇敢地站出来维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。