关于小区业主共有土地被用作经营性停车场并办理备案手续是否合法的问题，这需要根据具体的土地权属和规划用途来判断。以下是一个详细的分析：

首先，我们要明确的是，小区内的土地使用权归属是关键。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，建筑物、构筑物及其附属设施转让、互换、出资或者赠与的，该建筑物、构筑物及其附属设施占用范围内的建设用地使用权一并处分。这意味着，如果小区内的土地使用权已经全部分割转让给业主，并且依法进行了登记，那么这部分土地的使用权就归全体业主共有。

接下来，我们来看具体的案例。在江苏省徐州市泉山区人民法院审结的一起占有排除妨害纠纷案中，小区业主发现北边的收费停车场并非全部为社会公共土地，有部分土地在小区规划红线内，其使用权属于全体业主共有。然而，该停车场却由房地产开发公司授权给小区物业公司经营使用，且未经业委会合法授权收取停车场费用。这一行为严重侵害了全体业主的权益。

法院在审理此案时，向相关部门发函问询了案涉土地的使用权属及规划用途情况。得知小区业主已办理了分割登记，且整个宗地面积全部分摊到户。因此，法院认定房地产开发公司未经小区全体业主同意，将包括小区宗地图范围内的土地授权给物业公司作为经营性停车场使用，属于无权处分，侵害了小区全体业主的利益。

此外，房地产开发公司声称该停车场是政府代征代建项目、规划用途为社会公共停车场的主张，也与该公司取得的《国有土地使用权证》中载明的用途相违背，因此法院未予支持。

综上所述，如果小区内的土地使用权归全体业主共有，且未经业主大会或业主委员会的合法授权，任何单位或个人都不得擅自将其作为经营性停车场使用并办理备案手续。这样的行为是违法的，且会侵害全体业主的合法权益。

因此，对于您提出的问题，如果小区内的土地使用权确实归全体业主共有，并且未经合法授权被用作经营性停车场并办理了备案手续，那么这一行为是不合法的。业主委员会或业主大会可以通过法律途径来维护自己的合法权益。