针对甲方向乙方支付了工程款，但乙方未支付农民工工资的情况，以下是详细的法律分析和建议：
明确责任主体与合同关系：
- 首先，需要明确甲方、乙方（施工单位）以及农民工之间的合同关系。甲方与乙方之间存在工程承包合同，乙方与农民工之间则存在劳务合同。
- 甲方已履行支付工程款的义务，因此其责任相对有限，除非合同中有特别约定甲方需直接支付农民工工资。
- 乙方作为施工单位，有义务按照劳务合同支付农民工工资，其未支付行为构成违约。
友好协商与沟通：
- 农民工层面：农民工应首先与乙方进行沟通，表达工资未支付的困境，并要求乙方尽快支付。
- 乙方层面：乙方应积极与农民工协商，解释资金状况，并承诺支付时间。同时，乙方也可以与甲方沟通，说明农民工工资未支付的情况，看是否能获得甲方的理解与支持，比如甲方是否愿意提前支付部分款项或提供其他形式的协助。
法律手段维权：
- 向劳动监察部门投诉：农民工可以向当地劳动监察大队投诉乙方的拖欠行为，提交相关证据材料（如劳务合同、工资条、工作记录等）。劳动监察部门有权进行调查，并责令乙方支付拖欠的工资，逾期不支付的，还可以加付赔偿金。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未果，农民工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委将组织调解或裁决，如果乙方不服裁决，还可以向人民法院提起诉讼。
- 提起诉讼：对于乙方而言，如果其确实因甲方未支付全部工程款而导致资金困难，无法支付农民工工资，且协商无果，乙方也可以根据与甲方的合同约定，选择向仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求甲方支付剩余的工程款。
寻求政府部门协调与法律援助：
- 政府部门协调：农民工或乙方可以请求当地政府建设行政主管部门、信访部门等介入协调，推动问题的解决。政府部门可能会组织双方进行调解，或者提供其他形式的帮助。
- 法律援助：如果农民工经济困难，无法承担法律费用，可以向当地法律援助机构申请法律援助，获得免费的法律服务。
预防与应对措施：
- 加强合同管理：在未来签订合同时，乙方应明确约定甲方支付工程款的时间、方式以及违约责任等条款，确保自身权益得到保障。
- 建立工资支付保障机制：乙方可以设立农民工工资专用账户，确保工程款优先用于支付农民工工资。同时，也可以要求甲方提供一定的支付保障，如支付保证金或提供担保物等。
- 及时沟通与反馈：在施工过程中，乙方应定期与甲方沟通工程进度和资金状况，及时反馈农民工工资支付情况，避免问题积累到无法解决的地步。
总结与建议：面对甲方已支付工程款但乙方未支付农民工工资的情况，农民工应首先通过友好协商与沟通尝试解决问题；如果协商无果，则应依法向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等法律手段维权。同时，乙方也应积极采取措施保障农民工工资的支付，并寻求政府部门的协调与法律援助以降低维权成本。作为专业律师，我建议各方在处理此类问题时保持冷静、理性，依法维护自身权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。