结论：水井拆了建牛棚是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及土地用途变更、规划许可及建设许可等法律问题。以下从不同角度详细分析：

一、土地用途变更角度

1. 土地性质决定用途：

   • 若水井所在土地为宅基地，其用途通常限于居住及附属设施建设。根据《土地管理法》及相关规定，宅基地上的建筑物、构筑物应符合宅基地使用规定，擅自改变用途（如将水井拆除建牛棚）可能涉及违法。
   • 若水井所在土地为农用地（如耕地），根据《土地管理法》第三十七条，禁止占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等。虽然直接规定未提及建牛棚，但改变农用地用途用于非农业建设（包括养殖设施）通常需办理农用地转用审批手续。

2. 用途变更需审批：

   • 无论土地性质如何，若要将水井拆除并建设牛棚，通常需向相关部门（如自然资源部门、农业农村部门）申请土地用途变更审批。未经审批擅自改变土地用途，可能面临行政处罚，包括责令限期改正、罚款等。

二、规划许可角度

1. 乡村规划要求：

   • 根据《城乡规划法》，在乡村规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，需向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
   • 牛棚作为养殖设施，若位于乡村规划区内，需办理乡村建设规划许可证。未经许可擅自建设，可能面临拆除、罚款等行政处罚。

2. 规划符合性审查：

   • 即使获得土地用途变更审批，建设牛棚还需符合乡村规划要求。若规划中未预留养殖设施用地，或牛棚建设不符合规划布局、环保等要求，仍可能无法获得规划许可。

三、建设许可角度

1. 建筑施工许可：

   • 根据《建筑法》，在建筑物、构筑物上施工需办理施工许可证（特定工程除外）。牛棚建设虽可能不属于大型工程，但若涉及结构安全、消防等要求，仍需办理相关许可。
   • 未经许可擅自施工，可能面临停工、罚款等行政处罚。

2. 环保与动物防疫要求：

   • 养殖设施建设还需符合环保和动物防疫要求。如需办理环境影响评价手续、动物防疫条件合格证等。未经审批擅自建设并投入使用，可能面临环保、农业等部门的处罚。

四、建议与风险提示

1. 咨询当地部门：

   • 在决定拆除水井并建设牛棚前，建议先咨询当地自然资源部门、农业农村部门、城乡规划部门等，了解土地用途变更、规划许可、建设许可等具体要求及流程。

2. 完善审批手续：

   • 若符合相关条件，应按照要求完善审批手续，确保建设行为合法合规。避免因擅自建设而面临行政处罚或强制拆除风险。

3. 关注环保与防疫：

   • 养殖设施建设需特别关注环保和动物防疫要求。确保牛棚建设符合环保标准，办理相关环保手续；同时关注动物防疫条件，办理动物防疫条件合格证等。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。