结论：后期变更薪资结构，若个人不同意，公司单方面变更可能违法，但具体需结合变更原因、劳动合同约定及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、公司单方面变更薪资结构的合法性分析

1. 劳动合同约定优先
   根据《劳动合同法》第三十五条，变更劳动合同（包括薪资结构）需双方协商一致，并以书面形式确认。若劳动合同中明确约定了薪资结构（如基本工资+绩效工资的比例、发放方式等），公司未经员工同意单方面变更，属于违法行为。
   示例：若原合同约定“基本工资占80%，绩效占20%”，公司未经协商将比例改为“基本工资50%，绩效50%”，员工有权拒绝。

2. 公司合法变更的情形

   • 法定情形：如因政策调整（如最低工资标准提高）、公司经营状况发生重大变化（如亏损、业务转型），且变更具有合理性（如降低固定工资、提高绩效比例以激励员工），公司可与员工协商变更。若协商不成，公司需按原合同履行，否则可能构成违法。
     
   • 员工同意：若员工书面同意变更薪资结构，则合法有效。
     注意：公司不得以“不接受变更就离职”等胁迫方式迫使员工同意，否则变更无效。

3. 违法变更的后果
   若公司单方面违法变更薪资结构，员工可要求：

   • 公司按原合同支付工资；
     
   • 若因变更导致工资减少，可主张补足差额；
     
   • 若公司以此为由解除劳动合同，可能构成违法解除，员工可要求赔偿金（按工作年限，每满一年支付2个月工资）。

二、员工不同意变更时的应对建议

1. 明确拒绝并保留证据
   员工应以书面形式（如邮件、微信）明确拒绝公司提出的变更要求，并保留沟通记录，作为后续维权的证据。

2. 协商解决
   若公司坚持变更，员工可提出合理诉求（如维持原薪资结构、调整绩效指标等），尝试通过协商达成一致。

3. 投诉或仲裁
   若协商无果，员工可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，主张公司按原合同支付工资或赔偿。
   流程提示：

   • 投诉：携带劳动合同、工资条、变更通知等材料，向公司所在地劳动监察部门提交书面投诉；
     
   • 仲裁：自知道权益被侵害之日起1年内，向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。

三、特殊情形：公司经营困难时的薪资调整

若公司因经营困难需临时调整薪资（如降薪、延迟发放），需满足以下条件才可能合法：

1. 民主程序：经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案并协商确定；
   
2. 告知员工：向员工说明经营状况及调整必要性；
   
3. 不低于最低工资标准：调整后的工资不得低于当地最低工资标准；
   
4. 临时性：调整需为临时措施，经营状况好转后应恢复原薪资。
   

若公司未履行上述程序，员工仍有权拒绝并主张权益。

总结：薪资结构变更需双方协商一致，员工不同意时，公司单方面变更可能违法。建议员工保留证据、协商解决，必要时通过投诉或仲裁维权。如有具体问题，可直接向我咨询。