结论概述：在法院判决建房协议有效但对内容未具体提及的情况下，执行过程将主要依据协议的整体目的、双方的实际履行情况以及相关法律法规来进行。以下是对此问题的详细分析。

1. 执行依据：

   • 协议整体有效性：既然法院已经判决协议有效，那么该协议就构成了双方之间的法律约束。尽管法院未对协议内容具体提及，但协议的整体目的和条款仍然是执行的基础。
   • 实际履行情况：在执行过程中，法院会考虑双方在建房过程中的实际履行情况，包括但不限于资金投入、施工进度、材料采购等，以确定双方各自的权利和义务。

2. 执行流程：

   • 申请执行：一方或双方需向法院申请执行判决，明确执行请求和依据。
   • 法院审查：法院将对申请进行审查，确认判决的有效性和执行的可行性。在此过程中，法院可能会要求双方提供进一步的证据或说明，以明确协议的具体内容和执行方式。
   • 执行措施：一旦法院确认执行请求，将采取一系列执行措施，如查封、扣押、拍卖财产等，以确保判决得到有效执行。对于建房纠纷，可能涉及对在建房屋或已建成房屋的处置。

3. 可能遇到的挑战及应对：

   • 协议内容不明确：如果协议内容确实存在模糊或不明确之处，法院可能会要求双方进行协商，以达成补充协议或明确执行细节。若协商不成，法院可能会根据相关法律法规和公平原则进行裁决。
   • 一方不配合执行：如果一方不配合执行，法院可以采取强制措施，如罚款、拘留等，以迫使其履行义务。同时，法院还可以将不履行判决的情况记录在个人信用记录中，对其产生不良影响。

4. 法律建议：

   • 保留证据：双方应保留好与建房相关的所有证据，包括合同、付款凭证、施工记录等，以便在执行过程中提供有力的支持。
   • 积极协商：在执行过程中，双方应积极协商，寻求和解或达成补充协议，以减少执行成本和风险。
   • 寻求法律援助：如果一方在执行过程中遇到困难或争议，可以寻求专业律师的法律援助，以维护自己的合法权益。

后续行动建议：若您在此类纠纷中遇到具体问题，如对方不履行判决、协议内容存在争议等，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。