因刑事案件被没收的车辆，即便不在自己名下，通常也会由办案机关依法进行处置，一般会上缴国库或按照相关规定处理，原车辆所有人或实际使用人一般无权再主张车辆的相关权益。以下从不同角度详细分析：

从法律程序角度

1. 没收决定的作出：在刑事案件中，如果车辆被认定为与犯罪有关，例如是犯罪工具（如用于运输毒品的车辆）、违法所得（如用赃款购买的车辆）等，办案机关（一般是公安机关、检察机关等）会依据刑事诉讼法的相关规定，在案件侦查、审查起诉或审判阶段，作出没收车辆的决定。这个决定是基于车辆与犯罪的关联性以及法律的明确规定，不会因为车辆不在犯罪嫌疑人或被告人名下而改变。例如，某人借用他人车辆实施犯罪，车辆虽不在其名下，但只要符合没收条件，依然会被没收。
2. 执行没收程序：一旦作出没收决定，办案机关会按照法定程序执行没收。这可能包括对车辆进行查封、扣押，然后移交至指定的部门或机构，如财政部门等。在这个过程中，车辆的实际登记所有人或使用人如果对没收决定有异议，可以在法律规定的期限内，通过合法的途径，如申请复议、提起诉讼等方式来维护自己的权益，但需要提供充分的证据证明车辆不应被没收。

从车辆权属与实际使用情况角度

1. 车辆登记所有人与实际使用人不同：如果车辆登记在他人名下，但实际由犯罪嫌疑人或被告人使用，且车辆被没收。登记所有人如果认为自己对车辆享有合法权益，需要证明自己对该车辆的使用情况不知情，且没有从车辆的犯罪活动中获取任何利益。例如，车辆被他人盗用实施犯罪，登记所有人可以通过提供车辆被盗的报案记录、车辆行驶轨迹等证据，来证明自己与犯罪行为无关，从而有可能在后续的程序中争取一定的权益。但如果登记所有人明知车辆被用于犯罪活动，仍然提供车辆或默许使用，那么其也可能面临相应的法律责任，且难以主张车辆不应被没收。
2. 善意取得情况：如果车辆是通过合法的交易方式，由第三人善意取得（即第三人在购买车辆时不知道也不应当知道车辆与犯罪有关，且支付了合理的对价），但在后续因刑事案件被牵连没收。这种情况下，第三人可以依据相关法律规定，向办案机关提出异议，并提供证据证明自己是善意取得。如果证据充分，办案机关可能会根据具体情况，对车辆的处理作出调整，例如给予第三人一定的补偿等。不过，这种情况的认定需要严格的证据支持，且在实践中操作较为复杂。

从后续处理角度

1. 上缴国库：被没收的车辆在完成相关的法律程序后，通常会由财政部门等有权机关进行评估、拍卖等处理，所得款项上缴国库。这是最常见的处理方式，目的是将与犯罪相关的财产转化为国家财产，用于公共事业等。
2. 特殊情况处理：在某些特殊情况下，如果车辆具有特殊的用途或价值，例如是用于科研、教育等公益目的的车辆，可能会根据相关规定进行特殊处理，如捐赠给相关的机构等。但这种情况需要严格的审批程序和特定的条件。

如果你遇到因刑事案件车辆被没收且不在自己名下的情况，对处理结果有疑问或认为自己的权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律分析和建议。