核心结论：车不在公司名下但司机肇事时，处理方式需根据车辆实际使用关系（如挂靠、租赁、借用等）及事故责任划分综合判断。以下是具体分析：

1. 车辆挂靠或实际控制关系下的责任承担

• 若车辆虽未登记在公司名下，但实际由公司长期使用、管理（如挂靠经营），且司机受公司指派执行工作任务，根据《民法典》第1191条，公司作为用人单位需承担雇主责任，即赔偿受害方因事故产生的医疗费、误工费等损失。
• 例外情形：若司机存在故意或重大过失（如酒驾、超速），公司赔偿后可向司机追偿。

2. 车辆租赁或借用关系下的责任划分

• 公司租赁车辆：若公司从车主处租赁车辆并指派司机驾驶，根据《民法典》第1209条，租赁方（公司）与车主可能需按过错比例分担责任。例如，车主未尽到车辆维护义务导致事故，需承担部分责任。
• 公司借用车辆：若车辆为无偿借用，车主仅在存在过错（如明知车辆有缺陷仍出借）时承担责任，否则由公司作为实际使用人承担赔偿责任。

3. 司机个人行为导致的责任

• 若事故与工作无关（如司机私自用车），根据《民法典》第1165条，由司机个人承担侵权责任，公司无需赔偿。但若公司未尽到管理义务（如未审核司机驾驶资格），可能需承担补充责任。

4. 保险理赔的特殊情形

• 若车辆投保了交强险或商业险，保险公司通常需在保额范围内先行赔付，不足部分再由责任方承担。但需注意：
  • 保险合同可能约定“非被保险人允许的驾驶人”免责条款，若司机未经车主或公司许可驾驶车辆，保险公司可能拒赔；
  • 若公司为实际使用人，可尝试与车主协商，通过“保险利益转移”主张理赔，但需以合同约定或法律规定为依据。

5. 实务建议

• 公司角度：
  1. 完善车辆使用管理制度，明确车辆归属、使用范围及责任主体；
  2. 租赁或借用车辆时，签订书面协议并审核车辆保险、年检情况；
  3. 为司机购买雇主责任险，降低用工风险。
• 受害方角度：
  1. 及时报警并保留事故认定书、医疗记录等证据；
  2. 根据车辆使用关系，将公司、车主、司机列为共同被告，确保赔偿主体完整；
  3. 申请诉前财产保全，防止责任方转移资产。

提示：具体责任需结合事故细节（如司机行为性质、车辆使用协议内容）判断，建议提供更多信息（如车辆归属协议、事故认定书）进一步分析。