结论：镇政府每亩青苗补偿3000元给村委会，但实际到农民手里只有2000元，这一行为是否违法，需结合具体情况判断，但从原则上讲，若村委会截留补偿款且无法律依据或未得到农民同意，则可能构成违法。

分析说明：

1. 补偿款的性质与目的：

   • 青苗补偿款是对农民因土地被征收而损失的青苗的补偿，其性质属于农民的财产性收益。
   • 补偿款的目的在于保障农民因土地征收而遭受的损失得到合理弥补，因此应直接发放给受损失的农民。

2. 村委会的角色与职责：

   • 村委会作为基层群众性自治组织，在土地征收过程中可能承担一定的协助工作，如组织农民、传达政策等。
   • 但村委会并非补偿款的发放主体，除非有明确的法律规定或政府授权，否则无权截留或分配补偿款。

3. 截留补偿款的合法性分析：

   • 无法律依据截留：如果村委会截留补偿款没有明确的法律依据，如没有政府文件、政策规定或农民同意等，则这种截留行为可能构成违法。
   • 有法律依据但程序不当：即使村委会截留补偿款有某种法律依据（如用于村集体公益事业），但如果未按照法定程序进行，如未召开村民会议或村民代表会议讨论决定、未进行公示等，也可能构成违法。
   • 农民同意截留：如果农民明确同意村委会截留部分补偿款用于村集体公益事业或其他用途，且这种同意是自愿、真实、明确的，那么这种截留行为可能是合法的。但即便如此，村委会也应确保补偿款的发放和使用透明、公开，接受农民的监督。

4. 可能的法律后果：

   • 如果村委会截留补偿款的行为被认定为违法，那么农民有权要求村委会返还被截留的补偿款，并可能要求村委会承担相应的法律责任。
   • 同时，政府相关部门也可能对村委会的违法行为进行查处，如责令改正、罚款等。

行动建议：

• 农民方面：

  • 如果农民发现村委会截留了补偿款，应首先与村委会沟通，了解截留的原因和用途。
  • 如果沟通无果或认为村委会的行为违法，农民可以向当地政府相关部门（如土地管理部门、农业部门等）投诉或举报。
  • 农民也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径。

• 村委会方面：

  • 村委会应严格遵守法律法规和政策规定，确保补偿款的发放和使用合法、合规。
  • 如果村委会确实需要截留部分补偿款用于村集体公益事业或其他用途，应事先召开村民会议或村民代表会议讨论决定，并进行公示，接受农民的监督。

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