在青苗补偿费未支付的情况下清理作物一般是不合法的，但需分情况讨论，具体如下：

1. 从行政征收角度分析：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》第四十八条规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
   • 若行政机关在未支付青苗补偿费的情况下就清理作物，属于未依法履行补偿义务即实施征收行为，违反了法定程序，侵犯了被征收人的合法权益。被征收人有权依法要求行政机关支付青苗补偿费，并可对清理作物的行为提起行政复议或行政诉讼，要求确认该行为违法并赔偿相应损失。

2. 从民事侵权角度分析：

   • 如果清理作物的行为并非行政机关实施，而是其他民事主体（如施工单位、相邻权人等）未经允许擅自清理，那么该行为可能构成民事侵权。
   • 根据《中华人民共和国民法典》相关规定，侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他合理方式计算。被侵权人有权要求侵权人停止侵害、恢复原状或赔偿损失。在此情况下，即使青苗补偿费未支付，其他民事主体也无权擅自清理作物，否则应承担相应的民事赔偿责任。

3. 特殊情况下的例外：

   • 在某些紧急情况下，如为了公共利益需要立即清理作物以防止危害扩大（如防止火灾蔓延、防止疫情传播等），且事后能够及时补办相关手续并支付补偿费用的，可能构成合法行为。但这种情况需要严格符合法律规定的条件和程序，且实践中较为少见。