结论：同一个图案有三套配色，在登记版权时，一般不算作三个独立的作品进行登记，但具体是否可分开登记需根据图案与配色的关系及版权登记的具体要求来判断。
分析说明：
版权登记的基本原则：
- 版权登记通常针对的是具有独创性的作品整体，而非作品中的某个元素或部分。图案作为整体，其独创性体现在图案的设计、构思和表达上，而非单纯的配色。
图案与配色的关系：
- 如果三套配色仅仅是图案在不同颜色上的呈现，没有改变图案的基本设计、构思和表达，那么这三套配色通常被视为同一图案的不同表现形式，而非三个独立的作品。
- 如果每套配色都赋予了图案新的独创性表达，使得每套配色下的图案都呈现出与原始图案显著不同的视觉效果和艺术感受，那么在这种情况下，有可能被视为三个独立的作品进行版权登记。但这种情况较为罕见，且需要具体评估。
版权登记的具体要求：
- 版权登记机构在审核作品时，会关注作品的独创性、原创性和可复制性。对于同一图案的不同配色，如果它们不满足独立作品的独创性要求，那么通常不会被允许分开登记。
- 此外，版权登记还要求作品必须是已经创作完成且可以以某种有形形式复制的。如果三套配色只是存在于设计者的脑海中或草稿上，尚未形成具体的、可复制的作品形式，那么也无法进行版权登记。
法律建议：
- 整体登记：在大多数情况下，建议将同一个图案（无论其有多少套配色）作为一个整体进行版权登记。这样可以更全面地保护图案的独创性表达，避免后续可能出现的版权纠纷。
- 咨询专业机构：如果确实认为每套配色都赋予了图案新的独创性表达，且希望分开进行版权登记，那么建议咨询专业的版权登记机构或律师，以获取更具体的指导和建议。
后续行动：
- 如果您已经创作了同一个图案的三套配色，并希望进行版权登记，可以先整理好图案的设计稿、创作过程说明等材料。
- 然后，根据上述分析，判断这三套配色是否满足独立作品的独创性要求。如果不满足，则建议整体登记；如果满足或存在疑问，可以咨询专业的版权登记机构或律师。
如有任何关于版权登记的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。