企业因员工严重违反公司制度而扣工资，其合法性需根据具体情况判断，关键在于企业制度的合法合理性、员工行为是否违规以及扣工资是否符合法律规定。以下从多个角度进行详细分析：
一、企业制度的合法合理性
内容合法：
- 企业规章制度的内容必须严格遵守国家法律法规，不得与现行法律相抵触。例如，根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，工资应按月以货币形式支付给劳动者，无故克扣或拖欠工资是违法的。因此，企业制度中关于扣工资的规定必须合法，不能随意设定扣工资的情形和比例。
制定程序合法：
- 企业制定涉及员工切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需向员工公示或告知，以确保其知晓并遵守。未经法定程序制定的规章制度，对员工不具有法律约束力，企业不能依据这些制度扣工资。
合理限度：
- 扣工资的规定应公平合理，不得显失公正。例如，对于轻微违规行为如迟到几分钟，就扣除当月大部分工资的做法，显然不合理且法院通常不予支持。企业应根据违规行为的严重程度和造成的后果，合理设定扣工资的比例和限额。
二、员工行为是否构成违规
- 企业必须有充分证据证明员工确实违反了制度中明确规定的扣工资情形。这包括但不限于考勤记录、监控录像、工作记录等直接证据。若无法提供确凿证据，随意扣工资将构成违法行为，员工有权要求企业返还被扣的工资。
三、扣工资的特定情况与法律限制
经济损失赔偿：
- 若员工违规行为给企业造成经济损失，企业可根据相关制度和法律法规进行经济处罚，但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。同时，企业需证明违规行为与经济损失之间的直接因果关系，否则不能随意扣工资。
- 计算公式：若需扣除工资以赔偿经济损失，则扣除金额 = min(经济损失金额, 员工当月工资 × 20%)，且需确保扣除后剩余工资 ≥ 当地最低工资标准。
代扣代缴费用：
- 企业依法代扣代缴个人所得税、社保等费用是合法的，这不属于克扣工资范畴。企业应按照国家规定，及时、足额地代扣代缴这些费用，并告知员工代扣代缴的具体情况和金额。
四、员工权益保护途径
- 若企业扣工资行为不符合上述条件或存在违法情形，员工可通过以下途径维护自身权益：
- 协商解决：首先尝试与企业进行沟通协商，要求说明扣工资的依据并纠正不合理行为。在协商过程中，员工可以保留相关证据，如工资条、扣工资通知等，以备后续维权使用。
- 劳动监察投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令企业改正违法行为。劳动监察部门会对企业的扣工资行为进行调查核实，并根据调查结果作出相应的处理决定。
- 劳动仲裁与诉讼：若问题仍未解决，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁结果不服的，还可向人民法院提起诉讼以维护自身合法权益。在仲裁和诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明企业的扣工资行为违法，并要求企业返还被扣的工资及支付相应的赔偿。
总结与建议：企业在扣除员工工资时必须确保制度的合法合理性、员工行为的违规性以及扣工资行为的法律合规性。员工也应了解自身权益保护途径，以便在必要时采取相应措施维护自身合法权益。若您遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和帮助。