针对您提出的“公司员工违反公司制度被罚款合法吗”这一问题，我将从法律角度为您进行详细解答。

首先，我们需要明确的是，公司并非行政处罚机关，无权对员工实施罚款处罚。罚款作为一种行政处罚手段，其执行主体应为具有行政处罚权的机关，如政府相关部门。而公司作为用人单位，并不具备这样的行政处罚权。因此，从法律层面来讲，公司对员工进行罚款是不合法的。

在实际操作中，有些公司可能会通过制定内部规章制度，对违反规定的员工进行罚款。然而，这种做法同样存在法律问题。若公司未能制定出合法合规的内部规章制度作为罚款依据，或者规章制度本身存在违法内容，那么实施罚款就没有任何有效依据，属于违法现象。

此外，即使公司制定了相应的规章制度，并明确规定了罚款条款，但若这些条款违反了劳动法律法规的规定，如未经批准任意扣除员工薪资，那么这些条款也是无效的。因为劳动法律法规明确规定了用人单位不得未经批准扣除员工薪资，这是对员工权益的基本保护。

那么，对于违反公司制度的员工，公司应该如何处理呢？根据劳动法律法规的规定，公司可以选择运用警告、记过、降职、解雇等非罚款方式来预防和处理员工违规行为。若员工行为构成严重违约，如频繁迟到、旷工、严重失职等，公司有权解除劳动合同，并无需支付经济补偿。

最后，我想强调的是，法律是维护社会秩序和公正的重要手段。作为用人单位，公司应该尊重法律、遵守法律，不得擅自对员工进行罚款等违法行为。同时，员工也应该了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。

综上所述，公司员工违反公司制度被罚款是不合法的。公司应该通过合法合规的方式来处理员工违规行为，以维护公司的正常运营和员工的合法权益。