结论：关于三年合同只工作二年还有一年合同是否应该赔偿的问题，这主要取决于合同解除的原因以及合同中是否有相关约定。以下分情况详细说明：

1. 合同正常履行至期满前的解除

   • 若因劳动者原因解除：如果是因为劳动者个人原因（如主动辞职、严重违反公司规章制度等）导致合同在未满三年时解除，那么劳动者通常不需要对剩余的一年合同进行赔偿。但如果是因劳动者严重违约给用人单位造成损失的，用人单位有权要求劳动者赔偿损失，不过这与剩余合同年限的赔偿是两个不同的概念。
   • 若因用人单位原因解除：如果是因为用人单位的原因（如违法解除、未提供劳动条件等）导致合同提前解除，那么用人单位可能需要按照法律规定或合同约定向劳动者支付经济补偿或赔偿金。但这里的赔偿或补偿通常不是直接针对剩余的一年合同，而是根据劳动者的工作年限、工资水平等因素来计算。

2. 合同中有特别约定

   • 如果合同中明确约定了，在合同未满时解除合同需要支付一定数额的违约金或赔偿金，那么双方应当按照合同约定来执行。但需要注意的是，根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者约定的违约金仅限于两种情形：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以约定服务期和违约金；二是对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。

3. 合同到期自然终止

   • 如果合同是到期自然终止，且没有续签，那么双方就不存在赔偿的问题。因为合同已经按照约定履行完毕，没有剩余的合同期限需要处理。

法律建议：

• 在处理此类问题时，建议首先仔细审查合同条款，了解合同中关于解除合同、赔偿或补偿的具体约定。
• 如果合同中没有明确约定或者约定不明确，可以参考《劳动合同法》等相关法律法规的规定，以及当地的司法实践来判断是否需要赔偿以及赔偿的数额。
• 如果双方无法协商一致，可以考虑通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。

可能后果：

• 如果因为合同解除问题产生争议并诉诸法律，那么双方都需要承担一定的法律风险和成本，包括时间、金钱和精力等方面的投入。
• 因此，在处理此类问题时，建议双方尽量通过协商来解决问题，以减少不必要的法律纠纷和损失。

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