关于“一方申请债抵债，一方已认定，是否有效”的问题，结论需要分情况讨论，具体如下：
债抵债协议本身的有效性
- 合法有效情形：若双方达成的债抵债协议（即债务人用其对第三人的债权来抵销其对债权人的债务）是双方真实意思表示，且不存在违反法律、行政法规的强制性规定，不存在违背公序良俗，以及不存在恶意串通损害他人合法权益等情形，那么该债抵债协议是合法有效的。例如，甲欠乙10万元，同时甲对丙有8万元的债权，甲与乙协商一致，用甲对丙的8万元债权来抵销甲欠乙的8万元债务，若该协议不存在上述无效情形，则协议有效。
- 可能无效情形：如果债抵债协议存在上述无效情形，如双方恶意串通，通过债抵债的方式损害第三人的利益，或者该协议违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是无效的。
一方已认定对协议效力的影响
- 认定内容的重要性：这里“一方已认定”可能指的是一方对债抵债协议的内容、效力或者债务的真实性等进行了确认。如果这种认定是基于真实、自愿的原则，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种认定通常不会影响债抵债协议本身的效力，反而可能作为协议有效的一个证据。
- 认定过程中的瑕疵：然而，如果一方在认定过程中存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致另一方在违背真实意思的情况下作出了认定，那么这种认定可能是可撤销的。受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该认定，进而可能影响债抵债协议的效力。
债抵债协议的实际履行问题
- 履行可能性：即使债抵债协议本身有效，且一方已认定，但如果该协议所涉及的债权存在争议（如债权是否真实存在、债权是否已到期、债权是否可转让等），或者债务人无法实际行使该债权（如第三人拒绝履行债务、债权已过诉讼时效等），那么债抵债协议可能无法实际履行。
- 法律后果：在债抵债协议无法实际履行的情况下，债权人仍有权要求债务人按照原债务履行义务。如果债务人拒绝履行，债权人可以依法向人民法院提起诉讼，要求债务人承担违约责任。
建议：
- 在签订债抵债协议前，双方应充分了解协议的内容、效力以及可能存在的风险，确保协议是双方真实意思表示，且不存在违反法律、行政法规的强制性规定等情形。
- 如果一方在认定过程中存在欺诈、胁迫等情形，受损害方应及时向人民法院或者仲裁机构请求撤销该认定，以维护自己的合法权益。
- 在债抵债协议无法实际履行的情况下，债权人应及时采取法律措施，要求债务人按照原债务履行义务，并承担相应的违约责任。
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