核心结论：在双方互负债权债务且一方已做债权互抵后，另一方又申请执行的，可通过提出执行异议、提起执行异议之诉或通过协商、另行诉讼解决纠纷等方式来处理，具体如下：

1. 提出执行异议

   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条的规定，当事人、利害关系人认为执行行为违反法律规定的，可以向负责执行的人民法院提出书面异议。在债权互抵的情况下，若一方认为另一方申请执行的行为与已经发生的债权互抵事实相冲突，侵犯了自己的合法权益，就可以作为利害关系人提出执行异议。
   • 操作方式：应当向执行法院提交书面异议申请，详细说明债权互抵的情况，包括互抵的债权债务关系、互抵的时间、方式等，并提供相应的证据材料，如债权互抵协议、相关的债权债务凭证等。
   • 处理结果：人民法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定撤销或者改正；理由不成立的，裁定驳回。当事人、利害关系人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起十日内向上一级人民法院申请复议。

2. 提起执行异议之诉

   • 适用情形：如果执行异议被驳回，或者对执行标的提出书面异议后，人民法院裁定中止执行，但申请执行人不服该裁定，认为原判决、裁定错误的，依照审判监督程序办理；与原判决、裁定无关的，可以自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起执行异议之诉。在债权互抵纠纷中，若一方对执行异议的裁定结果不满意，且认为自己的权益确实受到侵害，就可以通过提起执行异议之诉来维护自己的权益。
   • 诉讼要点：在执行异议之诉中，原告需要证明自己对执行标的享有足以排除强制执行的民事权益。对于已经发生债权互抵的一方来说，需要提供充分的证据证明债权互抵的事实真实存在且合法有效，如互抵协议的合法性、双方债权债务的真实性等。
   • 判决结果：人民法院经过审理后，会根据查明的事实和法律规定作出判决。如果判决支持原告的诉讼请求，就会裁定停止对执行标的的执行；如果判决驳回原告的诉讼请求，执行程序将继续进行。

3. 通过协商解决纠纷

   • 优势：协商是一种较为温和、高效的解决纠纷方式。双方可以在平等、自愿的基础上，就债权互抵和执行问题进行再次沟通和协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。这种方式可以避免漫长的诉讼程序，节省时间和成本，同时也有利于维护双方的关系。
   • 操作方式：双方可以自行组织协商，也可以邀请第三方如律师、调解机构等参与协商。在协商过程中，要充分表达自己的诉求和理由，同时也要倾听对方的意见和想法，寻求共同的利益点，达成和解协议。
   • 注意事项：协商达成的和解协议应当具有明确的条款和可执行性，最好以书面形式签订，并由双方签字或盖章确认。如果一方不履行和解协议，另一方可以依据和解协议向人民法院提起诉讼。

4. 另行提起诉讼确认债权互抵的效力

   • 适用情况：如果双方对债权互抵的效力存在争议，且无法通过协商解决，一方可以另行向人民法院提起诉讼，请求确认债权互抵的效力。在诉讼中，法院会对债权互抵的事实和法律依据进行全面审查，并作出判决。
   • 诉讼影响：如果法院判决确认债权互抵有效，那么另一方申请执行的行为就缺乏法律依据，应当停止执行；如果法院判决确认债权互抵无效，那么执行程序将继续进行，已经发生债权互抵的一方可能需要承担相应的法律责任。

在处理此类问题时，建议你及时收集和整理相关证据，如债权债务凭证、债权互抵协议等，以证明自己的主张。如果你在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议和指导。